Под его руководством к середине 1880 гг. Алтайская духовная миссия достигла своего расцвета: открывались новые станы, получившие наименования «отделений миссии», увеличилось число священников-миссионеров и других сотрудников миссии. В 1866 г. Алтайская духовная миссия имела 11 церквей, 10 школ, число новокрещёных достигло 5000 человек. К 1879 г. в десяти отделениях миссии было 28 церквей и молитвенных домов. Кроме начальника Алтайской духовной миссии миссионерские труды несли 12 миссионеров (один игумен, один протоиерей, три иеромонаха и семь священников), два диакона и 25 сотрудников миссии, состоявших в звании причётников, переводчиков (толмачей) и учителей миссионерских школ. Помогали им и заштатные миссионеры, в том числе протоиерей Стефан Ландышев (ум. в 1882 г.). В 1882 г. Киргизское отделение Алтайской духовной миссии стало самостоятельной Киргизской миссией. Согласно отчёту обер-прокурора Святейшего Синода, трудами алтайских миссионеров и некоторых приходских священников в 1879 г. было «просвещено святым Крещением 313 язычников и 23 магометанина», в 13 миссионерских школах обучалось 310 человек (200 мальчиков и 110 девочек). Особое место занимало центральное миссионерское училище в Улале. В 1879 г. в нём воспитывались 18 мальчиков, которые не только изучали общеобразовательные и церковные дисциплины, но и обучались ремёслам, а некоторые и иконописанию. Руководителем иконописного класса был иеромонах Антоний (Петров), брат архимандрита Владимира. В Алтайской духовной миссии всегда уделялось особое внимание образовательной деятельности. «Ученика сделать грамотным» – в этом заключалась педагогическая задача миссионерской школы и её первая цель. «Из ученика сделать истинного христианина» – такова была воспитательная задача миссионерской школы и её более высокая цель. Миссионерские школы подразделялись на три уровня: двухклассные, одноклассные и школы грамоты (в 1917 г. из 84 школ в Алтайской духовной миссии три являлись двухклассными, 16 – школами грамоты, остальные были одноклассными). Обучение было совместным – мальчики учились вместе с девочками, алтайцы или шорцы – с русскими, вместе со всеми учились, если выражали желание, старообрядцы и дети язычников. Известны два примера, когда миссионеры открывали школу для детей язычников. К началу XX в. большинство священников-миссионеров и учителей миссионерских школ Алтайской духовной миссии были природными алтайцами и шорцами – выпускниками миссионерских школ, они сумели донести евангельскую проповедь до самых отдалённых уголков Горного Алтая и Горной Шории. В 1860–1880 гг. активно переводились книги на алтайский, шорский и киргизский языки, создавались оригинальные сочинения миссионеров на этих языках. В 1876 г. под руководством архимандрита Владимира была создана Алтайская переводческо-цензурная комиссия, в деятельности которой принимали участие лучшие воспитанники Бийского миссионерского катехизаторского училища.