28 августа миссия прибыла в Бийск, а в начале сентября архимандрит Макарий отправился в Горный Алтай и прибыл в село Улала (современный Горно-Алтайск). По указанию архиепископа Евгения первые алтайские миссионеры с самого начала своей деятельности вели путевые записки (записи за 1831–1833 гг., сделанные Макарием и А. Волковым, находятся в Российском государственном историческом архиве). 7 сентября 1830 г. Макарий крестил в Улале молодого алтайца Элеску, которого как первенца миссии назвал Иоанном. Этот день алтайские миссионеры считали днём рождения миссии. Первые полгода архимандрит Макарий посвятил поездкам по селениям Горного Алтая для ознакомления с местностью, жителями, их наречиями, а также в поисках наиболее удобного пункта для центрального стана миссии. Чтобы быть ближе к кочевым племенам Горного Алтая, в феврале 1831 г. он из Бийска переехал в Сайдыпский казачий форпост; в мае 1831 г. перебрался в Улалу, но узнав, что местные жители, опасаясь быть крещёными, намереваются откочевать в Кузнецкий округ, сам удалился в близлежащее село Майму. Из Маймы архимандрит Макарий начал знакомиться с улалинскими телеутами и представителями других алтайских племён. Обращая алтайцев в православие, он устраивал их на осёдлое жительство в Майме и других окрестных селениях. В Майме миссионеры начали учить алтайских детей грамоте и оказывать местному населению медицинскую помощь. Благодаря своему труду, исполненному любви и сострадания к бедным, Макарий вскоре завоевал доверие улалинцев, и бо́льшая их часть к 1834 г. приняла крещение. Тогда он переселился в Улалу, и это селение стало центральным станом Алтайской духовной миссии; к 1836 г. крестились все улалинцы. Имея два антиминса для походных церквей (один для церкви Всемилостивого Спаса, другой – для церкви в честь иконы Божьей Матери Одигитрии), Макарий служил попеременно в Улале и Майме. До его прибытия от приходских священников ближайших русских поселений за 70 лет приняли крещение около 300 коренных жителей Горного Алтая, однако большинство из них не были утверждены в вере (по ревизии 1857 г. в Бийском и Кузнецком округах насчитывалось 39 тыс. коренных жителей Горного Алтая и Горной Шории). К началу деятельности миссионеров абсолютное большинство алтайцев и шорцев были язычниками-шаманистами, почитали духов гор, лесов и рек и во всех своих нуждах обращались к камам (шаманам). Вскоре после начала деятельности миссии Макарий лишился своих первых помощников: 9 ноября 1830 г. скончался В. Попов, в мае 1832 г. перешёл на гражданскую службу А. Волков. Начальник Алтайской духовной миссии остался один с 70-летним старцем Петром Лисицыным, майминским переселенцем, добровольно служившим в миссии. Новыми сподвижниками Макария стали иеромонахи Анастасий и Парфений, священники Алексий Ионин, Алексий Глухарёв (брат Макария), Василий Весский, Стефан Ландышев, воспитанники духовных училищ М. Негрицкий и Т. Экзерцев, студент ветеринарного отделения Московской медико-хирургической академии Артемий Григорьевич Левицкий (впоследствии игумен Акакий), дьячок П. Тарбаев, отставной солдат А. Орлов, крестьянин Ф. Гилёв, П. Ландышева (мачеха Стефана Ландышева) и С. де Вальмон – дочь убитого в Бородинском сражении офицера, обучавшаяся в Смольном институте и прибывшая в миссию в 1840 г.