Находясь в Тобольске, Макарий составил правила, определявшие взаимные отношения миссионеров. В их основе лежали традиции иноческого общежития и старчества, воспринятые Макарием через старца Ливерия, ученика Паисия (Величковского), и от старцев Глинской пустыни (до призвания на миссионерское служение Макарий беседовал также с Серафимом Саровским). Правила имели форму обещания миссионеров: «Желаем, да будет у нас всё общее: деньги, пища, одеяние, книги и прочие вещи; и сия мера да будет для нас удобностию в стремлении к единодушию. Желаем тому из нас, кому определением начальства будет поручено особенное попечение о деле проповедания, повиноваться по правилам иноческого общежития как в поручениях, относящихся к проповеданию, так и в других отношениях и случаях... Желаем принимать от него наставления со вниманием, смирением и любовью... Желаем быть пред ним искренними и откровенными в частом исповедании помыслов». Правила были подписаны тремя сотрудниками миссии и после того утверждены архиепископом Евгением. После донесения архиепископа Евгения о составе и организации миссии Синод утвердил архимандрита Макария в должности её начальника. На путевые издержки и другие потребности миссии из синодальных сумм было определено ежегодно отпускать по 990 руб., сверх этого Тобольская епархия из собственных средств каждому из семинаристов назначила жалованье по 250 руб. в год. Макарий от миссионерского жалованья отказался и довольствовался магистерским окладом в 350 руб. Пока руководитель миссии занимался подготовкой помощников и документов, Тобольская консистория по предписанию архиепископа Евгения собирала подробные сведения «о находящихся в Тобольской епархии народах, ещё не обратившихся в христианство», для того чтобы Макарий определил место деятельности миссии. Сначала он с согласия сотрудников хотел отправиться на север от Тобольска к остякам (хантам) и самоедам (ненцам), среди которых были и новокрещёные, и язычники. Однако это намерение вскоре было оставлено, т.к. суровый северный климат болотистой местности, где кочевали эти народы, не подходил для слабых здоровьем Макария и В. Попова. Одно время он намеревался поехать к бурятам в Иркутскую епархию. Наконец, определившись, выразил желание направиться к киргизам (так называли тогда казахов), кочевавшим в Кокчетавском военном округе. Там был довольно умеренный климат, а киргизский язык был близок к татарскому, который предварительно изучали Макарий и его сотрудники. Однако генерал-губернатор Западной Сибири Иван Александрович Вельяминов, получив уведомление от архиепископа Евгения, воспротивился учреждению православной миссии среди киргизов, опасаясь их возмущений. Тогда архиепископ Евгений обратил внимание Макария на язычников-калмыков, кочевавших в Бийском округе Томской губернии, Макарий согласился начать там миссионерскую деятельность (в XIX в. северные тюркоязычные племена Горного Алтая обычно именовались татарами, а южные – калмыками). 3 августа 1830 г. миссия оставила Тобольск, в Абалакском монастыре миссионеры окончательно приготовились к дальнему переезду в Бийск, 23 августа достигли Барнаула, где от местного протоиерея Созонта получили св. миро, богослужебные книги, ризы и другие церковные принадлежности.