С 1883 г. положение, отражённое в определении Синода, было внесено в Строительный устав, причём распространено не только на церковные, но и на «все подобные» памятники. С 1876 г. в Московском археологическом обществе действовала Комиссия по сохранению древних памятников. По постановлению Синода 1878 г. она рассматривала проекты переделки и реставрации древних памятников, сооружённых до начала XVIII в. В соответствии с правилами, утверждёнными в 1890 г., в её ведение попали также постройки XVIII в. С 1900 г. осуществлялся контроль за всеми памятниками Москвы, для чего город был разделён на районы, каждый из которых курировался одним из членов комиссии. Председателем комиссии являлся председатель Московского археологического общества, помощником (товарищем) председателя в разные периоды были Константин Михайлович Быковский, Николай Васильевич Никитин, Иван Павлович Машков. Членами комиссии состояли историки и художники Иван Егорович Забелин, Дмитрий Иванович Иловайский, Аполлинарий Михайлович Васнецов; ведущие московские архитекторы-реставраторы Алексей Александрович Мартынов, Андрей Михайлович Павлинов, Александр Лаврентьевич Обер, Владимир Алексеевич Гамбурцев, Фёдор Фёдорович Горностаев. Комиссия привлекала к обсуждениям иногородних членов общества: Дмитрия Власьевича Айналова, Николая Владимировича Султанова, Андрея Александровича Титова и др. Московское археологическое общество провело восстановление палат дьяка Аверкия Кириллова в Москве (Дом Московского археологического общества), владимирского Успенского собора (1886–1890 гг.) и Успенского собора в Москве (1894–1895 гг.). В реставрационной работе соблюдался принцип коллегиальности. По указу 1889 г. согласование всех работ на архитектурных памятниках перешло к императорской археологической комиссии. В 1909 г. была создана Комиссия по изучению и сохранению памятников старой Москвы и её ближайших пригородов во главе с председателем общества Прасковьей Сергеевной Уваровой (Щербатовой). В функции комиссии также входил сбор экспонатов для созданного в те годы Музея старой Москвы. Деятельность Московского археологического общества распространялась практически на всю территорию Российской империи, привлекало к работе в провинции краеведов, занимавшихся исследованием и охраной местных достопримечательностей, и в то же время стремилось создать свои структуры, как, например, в Ростове Великом, где с 1887 г. работала постоянная комиссия по управлению Ростовским кремлём, контролировавшая все реставрационные работы. Члены общества занимались составлением археологических карт Киевской, Волынской, Подольской и других губерний. Общество вело раскопки в Московской, в Смоленской, в Херсонской, в Могилёвской, Псковской, Вятской губерниях, на Кавказе (в 1901 г. создано Кавказское отделение). Председателями общества были: в 1864–1884 гг. граф А.С. Уваров, в 1884–1917 г. графиня П.С. Уварова. Выходили периодические издания: «Древности: Труды Московского археологического общества» (1865–1916 гг. 25 томов) и «Древности: Труды Комиссии по сохранению древних памятников Московского археологического общества» (1907–1915 гг. 6 томов), издавались «Труды» некоторых археологических съездов (публиковались в городах, где проходили съезды), научные монографии, отчёты о деятельности общества.