Из Антониева Сийского монастыря происходит, например, икона «Св. Иоанн Предтеча Ангел пустыни» письма Ф. Зубова, середина XVII в. (музей «Ростовский кремль»), с надписью на обороте: «Сию икону дал по вере дом чудотворцу Антонию устюжанин Феодор иконник Усолец». В XVIII в., с началом изъятия церковных земель, монастырь пришёл в упадок. По штату 1764 г. Антониев Сийский монастырь был отнесён к необщежительным второго класса с содержанием от казны 1000 руб. В XIX в. на должность настоятелей монастыря назначались ректоры Архангельской духовной семинарии, настоятели занимались миссионерской деятельностью: так, архимандрит Вениамин (Смирнов) проповедовал среди ненцев в Архангельской губернии. В 1920 г. для сохранения обители на территории Антониева Сийского монастыря братия организовала трудовую коммуну, в Благовещенской церкви местные власти открыли детскую колонию. Постановлением Емецкого уездисполкома от 12 июня 1923 г. и решением президиума Архангельского губисполкома от 11 июля 1923 г. монастырь был закрыт. В зданиях обители располагались последовательно сельская трудовая коммуна, колхоз, дом отдыха работников лесной промышленности, дом для детей-инвалидов, интернат для престарелых. Многие здания были разобраны или разрушились по ветхости (двухэтажный настоятельский корпус, больничная келья с деревянной церковью Николая Чудотворца, хлебные амбары, верхние ярусы храма-колокольни (взорваны), каменная палатка с курантами и др.). В 1970 – начале 1990 гг. в обители располагался летний пионерский лагерь для детей работников автотранспортного предприятия, дача Архангельского облисполкома. Решением Священного Синода РПЦ от 30 марта 1992 г. Антониев Сийский монастырь был возрождён, 15 июня 1992 г. настоятелем утверждён игумен (с 2000 г. – архимандрит) Трифон (Плотников). Случившийся в августе 1992 г. пожар уничтожил кровлю Благовещенской церкви, трапезной палаты и ризницы. В это тяжёлое время (23 августа 1992 г.) монастырь посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. К 2001 г. в монастыре восстанавливались Благовещенский храм, в котором совершаются богослужения, и храм Сергия Радонежского, готовилось восстановление Троицкого собора, в нём с 1994 г. ежедневно читается акафист Антонию Сийскому; на монастырском погосте строилась Успенская часовня. Антониев Сийский монастырь окормляет несколько приходов Архангельской епархии, в которых нет священников. Братия монастыря участвовала в церковно-археологических экспедициях к местам, где раньше существовали Кожеезерский (1997 г.) и Красногорский (1998 г.) монастыри. В хозяйстве есть сенокосы, пашни, небольшие лесные участки; отремонтирована ферма, конюшня, построены теплицы, оборудован гараж; действуют пекарня, механическая, столярная и другие мастерские. Создаются монастырская библиотека, иконописная мастерская, свечное производство. В Архангельске и Холмогорах открыты подворья монастыря. К 2001 г. в обители было 20 человек братии (один архимандрит, три иеромонаха, один иеродиакон, один диакон, три монаха, один рясофорный монах, десять послушников), около 60 трудников.