Российское правительство потребовало удаления Амвросия из Белокриницкого монастыря, Святейший Правительствующий Синод Русской церкви обратился с каноническим посланием к Константинопольскому патриарху, прося его принять меры к возвращению Амвросия или подвергнуть его церковному осуждению. 20 августа 1847 г. через российское посольство в Вене патриарх Анфим VI отправил ещё одно послание Карловацкому митрополиту Иосифу и одновременно – обращение к Амвросию. В посланиях говорилось, что Амвросий совершил канонические преступления, отпав от церкви и совершая архиерейские священнодействия, в том числе рукоположения, не имея на то разрешения своего Первоиерарха (этими действиями Амвросий преступил 34-е и 35-е правила святых апостолов, 15-е правило первого Вселенского собора, 13, 16, 22-е правила Антиохийского собора, 5-е правило четвёртого Вселенского собора). Патриарх вновь просил посредничества Карловацкого митрополита в возвращении Амвросия и угрожал извержением Амвросия из сана, если тот будет упорствовать. Митрополит Иосиф не пожелал заняться поисками бывшего Боснийского митрополита, о чём сообщил в письме патриарху Анфиму VI от 25 февраля 1848 г. Одновременно в австрийскую государственную канцелярию через российское посольство в Вене поступали всё более решительные заявления российских официальных лиц в связи с деятельностью Амвросия и учреждённой им старообрядческой митрополии. Крайнее недовольство высших российских кругов и требование российского императора Николая I Павловича в декабре 1847 г. закрыть Белокриницкий монастырь грозили разрывом дипломатических отношений, сложившаяся внешнеполитическая ситуация требовала удаления Амвросия из среды староверов. 13 декабря 1847 г. австрийскими властями Амвросий был вызван из Белой Криницы во Львов, оттуда переправлен в Вену, где старообрядческий митрополит должен был ответить на девять вопросов, в которых были сформулированы выдвинутые против него обвинения. Амвросий назвал причинами своего бегства из Стамбула в Белую Криницу несправедливости, чинившиеся по отношению к нему Константинопольскими патриархами, и моление народа (старообрядцев) занять пустовавшую кафедру. Ему не было разрешено вернуться на Буковину, местом жительства был выбран Цилли. Революция 1848 г., последствием которой стало обещание австрийского императора Фердинанда дать конституцию, а вместе с ней и свободу вероисповедания, позволила Амвросию обратиться в правительство с просьбой оставить его вместе с семьёй сына в Вене или Будапеште, однако 23 июня 1848 г. австрийский министр внутренних дел ответил, что Амвросий «является виновным в затруднениях австрийского правительства из-за липован с Россией», а потому «он обязан согласиться с определением ему места пребывания». В Цилли Амвросий жил уединённо, общаясь лишь с семьёй сына. Изредка его навещали старообрядцы из Белой Криницы и России – Павел, Иероним, Браиловский епископ Онуфрий. Тульчинский епископ Иустин, иеродиакон Ипполит советовались с Амвросием по поводу разделения старообрядцев, вызванного «Окружным посланием» (1862 г.). Николаем Ивановичем Субботиным (1827–1905 гг.) опубликована переписка тех лет. Амвросий был похоронен сыном Георгием на греческом кладбище в Триесте (современная Италия), заочное отпевание совершил старообрядческий епископ Кирилл в Белой Кринице. 21 мая 2000 г. останки Амвросия были перенесены в Покровский кафедральный храм старообрядческой митрополии в городе Брэила (Румыния). На всемирном соборе старообрядцев Белокриницкого согласия в ноябре 1996 г. он был причислен к лику святых, его память празднуется старообрядческой церковью 12 ноября по новому стилю.