12 июня 1938 г. Анастасий обратился к германскому правительству, возглавляемому Адольфом Гитлером, с благодарственным письмом по поводу закона об имуществе РПЦЗ в Германии и ассигнования средств на строительство православного собора в Берлине. В послании среди прочего Анастасий писал: «Лучшие люди всех народов, желающие мира и справедливости, видят в вас вождя в мировой борьбе за мир и правду». С нападением гитлеровской Германии на Советский Союз часть эмигрантов связывала надежду на крушение большевизма. Анастасий воздерживался от прямых заявлений в поддержку Германии, но в пасхальном послании 1942 г. он, касаясь положения русского народа на занятых гитлеровскими войсками территориях, писал: «Настал день, ожидаемый им (русским народом), и он ныне подлинно как бы воскресает из мёртвых там, где мужественный германский меч успел рассечь его оковы. И древний Киев, и многострадальный Смоленск, и Псков светло торжествуют своё избавление как бы из самого ада преисподнего». В 1942 г. Анастасий запретил в священнослужении архиепископа РПЦЗ Ермогена (Максимова), который возглавил Хорватскую православную церковь (раскольническая структура, выделившаяся из Сербской православной церкви), поддерживавшую усташское правительство Анте Павелича в Хорватии. После того как 11 сентября 1943 г. митрополит Сергий (Страгородский) был избран Патриархом Московским и всея Руси, в Вене 21 октября 1943 г. состоялось Совещание восьми епископов во главе с Анастасием, которое объявило незаконным и недействительным избрание Первосвятителя. Патриарх Московский и всея Руси Алексий I, обратившийся к клиру РПЦЗ с призывом вернуться в лоно Матери-Церкви, также не был признан Синодом РПЦЗ. На том же Совещании была принята резолюция, в которой, в частности, говорилось об «установлении молений о помощи Божьей для освобождения Родины от большевистско-коммунистического ига». В сентябре 1944 г. Анастасий вместе с другими архиереями и канцелярией Синода РПЦЗ переехал в Карлови-Вари, затем в Мюнхен. На Архиерейском Соборе, состоявшемся в мае 1946 г. в Мюнхене, распавшийся в годы войны Синод был воссоздан, чему способствовало присоединение к РПЦЗ значительной группы архиереев, выехавших из СССР. Воссозданный в Мюнхене Синод возглавлял по-прежнему Анастасий. В ноябре 1950 г. Синод РПЦЗ переехал из Мюнхена в Нью-Йорк (США), где с 1951 г. проживал и Анастасий. В конце 1940 гг. наиболее влиятельными лицами в окружении Анастасия стали протопресвитер Михаил Афанасьевич Польский и граф Юрий Павлович Граббе (впоследствии епископ Григорий), враждебно относившийся к РПЦ. В завещании 1957 г. Анастасий писал: «Что касается Московской Патриархии и её иерархов, то поскольку они находятся в тесном, деятельном и доброжелательном союзе с советской властью, открыто исповедующей своё полное безбожие и стремящейся насадить атеизм во всём русском народе, то с ними Зарубежная Церковь, храня свою чистоту, не должна иметь никакого канонического, молитвенного и даже просто бытового общения». В 1950 гг. ввиду преклонного возраста Анастасий постепенно отходил от дел. В 1964 г. по его инициативе был созван Архиерейский Собор РПЦЗ для избрания нового первоиерарха. Сам Анастасий 27 мая 1964 г. ушёл на покой, сохранив за собой почётное председательство в Синоде. Анастасий, согласно завещанию, погребён в джорданвиллском во имя Святой Троицы монастыре.