Н.Н. Афанасьев отвергает учение о видимой и невидимой церкви на том основании, что церковь едина; и того, чего нет в «невидимой церкви», не должно быть и в «видимой». Первоначальная церковь не знала права, потому что «не нуждалась в нём, т.к. жила тем, что свойственно её природе, а не тем, что ей чуждо». Право, говорит Н.Н. Афанасьев, нужно в эмпирической жизни, в церкви же право уступает место благодати (впрочем, «отсутствие правовых норм в Церкви, – замечает Н.Н. Афанасьев, – не означает отсутствия в ней каких-либо правил, регулирующих её жизнь»). Негативным отношением к присутствию в церкви правового начала Н.Н. Афанасьев сближается с антиномическими идеями ранней Реформации. Он справедливо отмечает, что «каноническое сознание не может иметь основную опорную точку в исторически сложившихся формах», канонический строй является внешним выражением догматического учения о церкви, «содержание догматического учения о Церкви определяет содержание канонического законодательства». В то же время, вопреки тому бесспорному факту, что канонические нормы одни и те же для Вселенской православной церкви, он утверждает, что между «нормами, составляющими каноническое право каждой поместной Церкви, не имеется ни внутреннего, ни внешнего единства», поскольку считает, что каноны (или правила) «не восходят к основам церковной жизни, а берут её в эмпирическом временном аспекте». Они не устанавливают основной порядок жизни, но лишь регулируют каноническое устройство церкви. Как временные распоряжения, изданные церковной властью, каноны, согласно Н.Н. Афанасьеву, изменяемы «даже в том случае, если они непосредственно ссылаются на то или иное изречение апостолов или даже Христа». Однако, утверждая изменяемость канонов, он отмежёвывается от протестантства, которое «проглядело истину»: если обнаружение истины, каковым и является канон, изменено, «то лежащая в основе его истина остаётся всегда неизменной». С одной стороны, говоря, что, чем ближе нормы к догматическому учению, тем большей неизменяемостью они обладают, с другой – акцентируя то, что «мы можем и даже должны изменять церковные постановления», к тому же не указывая при этом критерия, а пользуясь неопределённым выражением «каноническая правда» («Бывают даже времена, когда каноническая правда на стороне тех, кто нарушает те или иные каноны»), Н.Н. Афанасьев неубедителен в своём опровержении установления канонического права православной церкви. Протоиерей Александр Шмеман, всесторонне изучавший наследие Н.Н. Афанасьева, назвал его «наиболее радикальным, систематичным, а потому, конечно, и «спорным» представителем... нового экклезиологического течения», стремившегося через обращение к исторически первоначальному христианству заново осмыслить природу церкви и её служение.