Выделяя в церковном организме иерархию «в собственном смысле», т.е. тех, кто получил харизму Святого Духа в таинстве священства, и анализируя её служение, Н.Н. Афанасьев обращает особое внимание на природу её власти в церкви. Озабоченный проникновением в церковную жизнь секулярных представлений о власти, он напоминает, что иерархическая власть «не может конструироваться как обычная власть в человеческом обществе», основывающаяся «на формально-правовом начале, которое как раз отсутствует в Церкви». Иерархия должна пасти церковное стадо, «не господствуя над наследием Божиим, но подавая пример стаду» (1 Петр. 5:1–3). Приводя это апостольское наставление, Н.Н. Афанасьев противопоставляет право любви и в связи с этим отмечает, что в церкви нет власти, основанной на праве, но есть власть, основанная на любви, ибо «любовь есть единственный принцип жизни в Церкви». Исходя из принципа разделения даров и служений, Н.Н. Афанасьев заключает, что решения Поместного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 гг., который внёс в систему церковного управления идею представительства, были ошибочны: «Епископ не является представителем своей епархии... Он возглавляет епархию как её предстоятель... В епископе через согласие и рецепцию действует вся Церковь». Н.Н. Афанасьев отрицает наличие у мирян дара церковного управления: церковное управление – особое служение в церкви, для него необходимы особые дары; в то же время для системы Н.Н. Афанасьева крайне важна идея рецепции народом (согласия народа с решением епископа): народ «царственно даёт своё согласие на то, что происходит в Церкви... Он не управляет в Церкви, т.к. не имеет харизмы управления, он царствует, т.к. получил благодать царственного священства». К проблемам права Н.Н. Афанасьев обращается в различных сочинениях. Право, по его мнению, проникло в церковную жизнь и постепенно стало её организующим принципом. Оно, как «принадлежащее старому эону», чуждо церкви. Его природа осталась в ней неизменной, поскольку преображённое право уже не было бы таковым. Утвердившись в церкви, оно на основе римского права создало особое церковное право. Изменения, которые внесло право в церковь, не могли исказить её существа, но «образовали вокруг неё эмпирический слой – видимую Церковь». Появившееся как результат реального положения вещей учение о видимой и невидимой церкви закрепило существование права в церковной жизни. Видимая церковь – церковь на земле, невидимая – торжествующая небесная; «нет полного единства между этими Церквами», считает Н.Н. Афанасьев. Греховная природа людей проявляется не только в жизни каждого человека, но и в земной церкви. Эта греховная природа лежит в основе и земной церкви, и христианского государства, так что между ними нет различия по природе. «Небесной Церкви довлеет благодать Божия, а земная нуждается в праве».