С его именем связывали восстановление «старины», в том числе и фактически ликвидированного патриаршества, хотя сам Алексей Петрович имел характер сильный, своевольный и, став царём, возможно, продолжил бы политику Петра I по отношению к православной церкви. С 1715 г. отношения его с отцом резко ухудшились. Пётр I видел в Алексее Петровиче соперника своему младшему сыну Петру, которого хотел сделать наследником. Царь потребовал от сына «переменить нрав» или уйти в монастырь. Алексей Петрович согласился уйти в монастырь, но царь, зная неискренность и скрытность сына, не решился на это. В 1716 г. Алексей Петрович бежал за границу, в Австрию, откуда его выманили ложным обещанием отца о помиловании. После приезда в Россию в январе 1718 г. он был арестован и заключён в Петропавловскую крепость. К следствию было привлечено много духовных лиц во главе с епископом Ростовским Досифеем (Глебовым), но, в основном, они проходили по «суздальскому делу» о «потакании» старице Елене – царице Евдокии, которая вела в стенах монастыря светскую жизнь и даже имела любовника. Следователи стремились завести дело о заговоре Алексея Петровича с участием духовенства, но ничего, кроме общих и случайных разговоров насчёт восстановления церковной и светской «старины», даже с помощью пыток узнать не удалось. Царевич был приговорён назначенным царём судом к смертной казни. Высшие иерархи, входившие в суд, дали уклончивое заключение по делу и отказались подписать смертный приговор, что было по тем временам весьма мужественным шагом. Алексей Петрович был тайно казнён по приказу царя в тюрьме Петропавловской крепости. По некоторым сведениям, рядом с Петром I, который отправил своих людей убивать сына, находился архимандрит Феодосий (Яновский), будущий архиепископ Новгородский, отпустивший царю смертный грех сыноубийства ради высших государственных целей. Вскоре после смерти царевича появились самозванцы, выдававшие себя за Алексея Петровича: Алексей Родионов под Вологдой (1723 г.), Алексей Семинов в городе Почепе (1723/1724 г.), нищий Тихон Труженик среди донских казаков (1732 г.). Особенно много приверженцев собрал вокруг себя некий Миницкий в Киеве (1738 г.).