С того времени старчество и духовничество стали его главным делом, все другие послушания игуменом были отменены. Летом 1906 г. Алексий переехал в специально построенную избушку-келью. Вместе с тем старец стремился к безмолвию и уединению и 3 февраля 1908 г. ушёл в неполный затвор. Несмотря на это, к нему приезжало всё больше и больше людей всех возрастов и сословий: государственные деятели и архиереи, священники и иеромонахи (большей частью воспитанники Московской духовной академии), монахи и монахини из разных монастырей, военные, врачи, чиновники, учителя, профессора и студенты, рабочие и крестьяне. Духовными чадами Алексия были княгиня Елисавета Феодоровна и схиигуменья Фамарь (Марджанова), в 1908 г. основавшая по его благословению Серафимо-Знаменский скит под Москвой. Зосимову пустынь посещали члены религиозно-философского кружка Михаила Александровича Новосёлова: Сергий Николаевич Булгаков, священник Павел Флоренский и др. Алексий обладал даром прозорливости и исцеления духовных и телесных болезней. Здоровье же его самого ухудшалось, и он неоднократно просил у игумена Германа благословения уйти в полный затвор, что и исполнил, получив разрешение, 6 июня 1916 г. В 1909 г. Алексий принимал участие в съезде монашества в Троице-Сергиевой лавре. По личной просьбе Тихона (Белавина) Алексий был избран членом Всероссийского Поместного собора 1917–1918 гг. и 5 ноября 1917 г. в храме Христа Спасителя вынул жребий, определивший избрание Тихона во Всероссийского патриарха. 28 февраля 1919 г. принял постриг в схиму, в 1921 г. был награждён палицей. В конце 1920 г. Зосимову пустынь превратили в сельскохозяйственную трудовую артель, но устав соблюдался строго, и богослужения продолжали совершаться. 8 мая 1923 г. в соответствии с декретом властей о ликвидации всех монастырей уезда пустынь была закрыта, Алексий с келейником переехал в Сергиев Посад, где прожил до самой кончины, найдя приют в доме своей духовной дочери В. Верховцевой. Будучи уже прикованным к постели, старец стремился исполнять монашеское правило, за год до кончины начал ежедневно причащаться. Четыре дня и три ночи люди не отходили от гроба Алексия, желая проститься со старцем. На отпевании Алексия присутствовал сонм духовенства, в том числе архиепископ Бийский Иннокентий (Соколов), епископы Белёвский Игнатий (Садковский), Егорьевский Павел (Гальковский), Григорий (Козырев), Варфоломей (Ремов), последний настоятель Троице-Сергиевой лавры архимандрит Кронид (Любимов). Алексий был погребён на Кукуевском кладбище в Сергиевом Посаде, в 1953 г. перезахоронен на «старом» (Северном) кладбище Загорска (современный Сергиев Посад), 25 июля 1994 г. мощи Алексия перенесены в Зосимову пустынь. Прославлен Архиерейским собором РПЦ 2000 г. в лике преподобных с установлением общецерковного празднования. Духовное наследие Алексия составляют созданные им молитвы (в минуту особого умиления, в предчувствии кончины, духовника перед исповедью, человека, ищущего покоя в Боге, молитвенная просьба), а также изречения, наставления и поучения, записанные духовными детьми.