Важное значение имел созванный по его инициативе Албанский (Алуэнский) собор (487–488 гг.), который выработал ряд канонов, защищавших правовые и экономические интересы духовенства и знати (один из первых памятников армянской юридической литературы). Вероятно, уже в это время Албанская церковь пользовалась фактической автокефалией; при этом и «Алуэнские каноны», и «Повесть о Вачагане» (вторая половина VI в.) продолжают исторические традиции Армянской церкви. В середине VI в. обозначился статус Албанской церкви в триаде церквей Закавказья: около 551/552 г. её предстоятель Абас получил титул «католикоса Алуанка, Лпника и Чола» с кафедрой в городе Партав (летняя резиденция разместилась в крепости Бердакур). Из «Книги посланий» исследователям известны названия входивших в состав Албанского католикосата епархий: Партав, Чол, Капалак, Амарас, Хашу, Талдзанк, Салиан, Шаки. Сохранилась печать «великого католикоса Албании и баласакана», выполненная пехлевийским (среднеперсидским) письмом и датируемая VI в. Совместной акцией Армянской и Албанской церквей явилась неудавшаяся попытка крещения кочевников к северу от Дербента в начале 680 гг. Через Кавказскую Албанию христианство проникло на территорию современного Северного Дагестана, где оно было распространено ещё в XII в. В начале VII в. Грузинская церковь приняла православие (халкидонитство), в 631/632 г. Армянская церковь на некоторое время также приняла дифизитский догмат. Приверженность Албанской церкви догматам четвёртого Вселенского собора в Халкидоне сохранялась, видимо, до Партавского собора (706 г.), когда армянский католикос Елия I Арчишеци при поддержке арабских властей добился низложения албанского католикоса-халкидонита Нерсеса. Во второй половине Х в. население Левобережной Кавказской Албании (Эрети) воссоединилось с православием в лоне Грузинской церкви. Эпоха арабских завоеваний (с середины VII в.) положила начало упорной борьбе ислама и христианства, окончившейся к XI в. исламизацией большей части населения Прикаспийского региона. Утвердив свою власть в Закавказье, халифы поставили албанских католикосов в зависимость от монофизитской Армянской церкви (с 720 гг.). В период политической раздробленности (IX–XII вв.) монофизитский Албанский католикосат вступил в полосу упадка. Католикосы в IX–X вв. пребывали в монастыре Хамши (область Миапор); центрами церковной жизни были Арцах (XI в.) и Кахи-Закаталы (XII в.). С 1240 г. возросла роль епископов Гандзасарских из рода Хасан-Джалалянов. В конце XIV – начале XV вв. монастырь Гандзасар, фактически являвшийся духовным и политическим центром Арцахского меликства, стал кафедрой Албанских католикосов. После присоединения в начале XIX в. Северного Азербайджана к Российской империи Албанский католикосат (Гандзасарский патриархат) был в 1815 г. упразднён царским указом, а на его месте были образованы две епархии (Арцах-Шуша и Шемаха) в юрисдикции Армянского католикосата (Эчмиадзинской патриархии) и викариатство Ганджа в составе Тифлисской консистории Армянской церкви.