В конце XV в., после распада единого Грузинского государства, усилился также и церковный сепаратизм, поддерживаемый местными правителями. В Западной Грузии возникло сильное и самостоятельное царство Имерети. При поддержке имеретинского царя Баграта VI (Багратиони; 1466–1478 гг.) находившийся в Грузии Антиохийский  патриарх Михаил IV (около 1470/1474 – до 1484 гг.), объезжавший страны с целью сбора пожертвований, неканонично поставил архиепископа Цаишско-Бедийского Иоакима католикосом Абхазским без согласия на то Мцхетского престола. Став фактически независимыми, католикосы Абхазии именовали себя и патриархами. Их юрисдикция распространялась на царство Имерети и княжества Гурию, Одиши (Самегрело), Абхазию и Сванети, что нашло отражение и в их титулатуре: в источниках Абхазские католикосы упоминаются как католикосы-патриархи «Лихт-Имерети, Одиши, Понто-Абхаз-Гурии, Рача-Лечхум-Сванети, Осетин, Двалов и всего севера». В одном из документов Абхазский католикос-патриарх Малахия I (Абашидзе) называет себя даже «Вселенским патриархом». Во второй половине XVI в., во время патриаршества Евдемона I (Чхетидзе), в результате усиления османской агрессии против Абхазского княжества, опустошения сёл и городов, а также натиска горских племён Северного Кавказа и феодальной междоусобицы резиденция Абхазского католикоса была переведена из Бичвинты в монастырь Гелати, кафедрой стала церковь великомученика Георгия, где кафедра и находилась до конца существования Абхазского католикосата. Сюда же была перенесена одна из главных святынь Католикосата – Пицундская (Бичвиндская) икона Божьей Матери, написанная в 1568 г. по заказу Евдемона I, о чём сообщается в надписи на самой иконе. Однако Бичвинтский собор всё же оставался патриаршим – в нём долгое время совершались епископские хиротонии и освящение св. мира. Евдемон I возобновил в Гелатском монастыре две церкви – Пресвятой Богородицы и великомученика Георгия, восстановил также Бичвинтский и Моквский храмы. Своей церковной политикой Евдемон I содействовал укреплению центральной власти в Имерети во время правления царей Баграта III и Георгия II (1565–1583 или 1585 гг.). В 1540 гг. им был созван церковный Собор, в котором по приглашению Евдемона I участвовал и католикос-патриарх Восточной Грузии, что позволило считать Собор общегрузинским. В уложении Собора строго запрещалась торговля крепостными, были упорядочены и восстановлены ввиду сложных политических обстоятельств некоторые позабытые церковные правила. Евдемон I составил так называемые Права католикосов, которые были известны на всей территории Грузии. В 1616 г. Абхазским католикосом стал сын князя Гурии Георгия II Малахия II (Гуриели). По его повелению в 1622 г. был составлен важный документ – «Большая приходо-расходная книга Абхазского Католикосата», в которой даётся перечень обширных владений и крепостных Абхазского католикосата. Являясь одновременно князем Гурии (1625–1639 гг.), Малахия II пожертвовал Католикосату множество родовых земельных угодий и церковных книг.