Во время спора о «Тёх главах» Аквилейский епископ Павлин I, принявший около 558 г. титул патриарха и претендовавший на второе после папы Римского место в западной церковной иерархии, отверг осуждение «Трёх глав» на своём местном Соборе (558 г.), что послужило причиной схизмы. Во время нашествия лангобардов (568 г.) Павлин I нашёл убежище в Градо. С конца VI в. территория патриархата была разделена между Византией и лангобардами. Лангобардские герцоги Фриуля поддерживали схизму в своих интересах, и, когда патриарх Кандидиан восстановил общение с Римским папой Бонифацием IV (606/607 гг.), Фриульский епископ тоже был провозглашён патриархом. Епархия разделилась: патриархат в Градо (Новая Аквилея) на территории, которую контролировала Византия, состоял в общении с Вселенской церковью, а кафедра патриархов-схизматиков (Старая Аквилея) находилась первоначально в Кормонсе, затем (с VIII в.) в Чивидали, в лангобардском Фриуле. Разделение сохранилось и после окончательного прекращения схизмы в связи с осуждением «Трёх глав» на Аквилейском соборе 698 г.: церковная область Градо включала северное и восточное побережье Адриатики с Венецией, а Аквилейский патриархат охватывал лангобардские владения в Северной Италии и Альпийские области. После завоевания королевства лангобардов Карлом Великим епископы Аквилеи перешли под покровительство франкских королей. Павлин II получил от Карла Великого грамоту с подтверждением прав клира Аквилеи избирать себе патриарха (792 г.). Павлин II участвовал в экспедициях короля Италии Пипина против аваров и славян. Летом 796 г. на Дунае Зальцбургский, Пассауский епископы и Аквилейский патриарх подписали протокол, в котором определялись принципы обращения в христианство славян и аваров. Об активности Аквилейской церкви в славянском княжестве Карантания (Хорутания; современная территория Словении и Южной Австрии), где епископы Зальцбурга вели миссионерскую деятельность с середины VIII в., исследователи не находят практически никаких письменных свидетельств – по крайней мере, не существует документа, сопоставимого с созданным в 870/871 г. сочинения «Обращение баварцев и хорутан», обосновывающим претензии Зальцбурга на славянские земли. Но некоторые косвенные данные археологии, топонимики, лингвистики, а также литургики позволяют им определённо утверждать, что миссионерская деятельность велась из Аквилеи на всей территории Карантании.