В начале XIX в. в монастыре были сооружены настоятельский корпус, примыкающий к казначейским кельям (автор проекта – архитектор Василий Семёнович Поливанов), южные святые врата, к настоящему времени утратившие венчающую их колокольню, главный семинарский корпус (закончен в 1890 г., автор проекта – епархиальный архитектор Андрей Иванович Борщов). Монастырь Антония Римлянина относился к числу наиболее влиятельных и богатых новгородских монастырей. По количеству земельных владений во второй половине XV в. (588 обжей) он занимал четвёртое место после Юрьева, Варлаамиева Хутынского и Аркажского монастырей. Вотчины монастыря располагались, главным образом, в Водской и Шелонской пятинах. По мнению исследователей, в первой половине XIII в. Александр Невский даровал обители Бронницкий перевоз через Мсту, что позволило собирать немалые пошлины с купцов, проезжавших по московской дороге. Князь особо почитался в монастыре Антония Римлянина, в XVII в. икона с его изображением находилась рядом с храмовым образом Рождества Богородицы в местном ряду иконостаса. После присоединения Новгорода к Москве во второй половине XV в. у монастыря было конфисковано 300 обжей земли. В XVI–XVII вв. обитель упрочивала своё положение за счёт частных пожалований и собственных приобретений. Владения монастыря Антония Римлянина располагались в Обонежской пятине, в Дмитриевском на Капше, Михайловском в Гедевичах, Тервинском, Оштинском за Онегом погостах; в Бежецкой пятине, в Волочке Держкове, Сопинском Богородицком, Покровском погостах; в Деревской пятине, в Бронницком Буховском, Деманском погостах; в Водской пятине, в Антоновском погосте на Волхове. По штатам 1764 г. монастырь был отнесён ко второму классу. К монастырю был приписан скит «Забудущие родители» («Забытые родители») в Боровичском уезде, в 1917 г. преобразованный в самостоятельную Пятницкую пустынь. В середине 1900 гг. в монастыре было 14 монахов и 10 послушников. Среди настоятелей монастыря Антония Римлянина – священномученик архимандрит Владимир (Богоявленский), впоследствии митрополит Киевский; будущий Патриарх Московский и всея Руси архимандрит Алексий (Симанский), составивший «Житие» преподобного Антония, которое зачитывалось на праздничных службах в обители; архимандрит Арсений (Стадницкий); архимандрит Димитрий (Сперовский). В монастыре Антония Римлянина принял монашеский постриг будущий епископ Кирилловский священномученик Варсонофий (Лебедев), в 1909–1916 гг. служивший миссионером-проповедником в Новгородской епархии.