16 августа 963 г. Никифор II Фока был провозглашён императором Византии. Афанасий Афонский, узнав об этом и поняв, что Никифор II Фока не сможет исполнить свой обет стать монахом, покинул Афон и отправился на Кипр, где подвизался в монастыре Агиа-Мони (около Пафоса). В это время в его лавре воцарилось безначалие, монахи стали разбегаться. По Божественному внушению Афанасий Афонский вернулся в лавру. В начале 964 г. он прибыл в Константинополь. Император Никифор II Фока убедил его продолжить строительство и издал ряд хрисовулов, касавшихся лавры, из которых сохранился только один от 964 г. Император передал Афанасию Афонскому для лавры частицу Честного Древа, главу св. Василия Великого и мощи других святых. В другом хрисовуле Никифор II Фока назначил Афанасия Афонского игуменом лавры с 80 монахами и постановил, что лавра должна навсегда оставаться независимым монастырём, не подчиняясь ни светским, ни церковным лицам. Вернувшись на Афон, Афанасий Афонский продолжил строительство монастыря, возвёл братский корпус, трапезную, кельи, больницу, мельницу и пристань, провёл водопровод. Однако его деятельность вызывала раздражение у других афонских отшельников. Они, воспользовавшись тем, что Никифор II Фока, покровительствовавший Афанасию Афонскому, был убит (10 декабря 969 г.), и императором провозглашён Иоанн I Цимисхий (около 925 – 976 гг.), отправили в Константинополь делегацию с жалобами на преподобного. Афанасий Афонский (по другой версии, это был Иоанн Мтацминдели, ученик Афанасия Афонского) также поехал в столицу империи. Новый император не только подтвердил все хрисовулы императора Никифора II Фоки, но и приказал ежегодно выдавать лавре по 244 золотых номисмы. Чтобы разобраться в разногласиях между Афанасием Афонским и игуменами и старцами Афона, император отправил на Святую гору монаха Евфимия, игумена Студийского монастыря в Константинополе. В результате проведённого Евфимием расследования и во избежание дальнейших споров между афонскими монахами был составлен афонский Устав, так называемый Типикон Иоанна Цимисхия, или «Трагос» (971–972 гг.). Предположительно в 973–975 гг. Афанасий Афонский составил Устав лавры. Помощь императора позволила лавре возвыситься над остальными монастырями и стать крупнейшим, по-видимому, первым, общежительным монастырём на Святой горе. Молва об Афанасии Афонском распространилась по всей Византийской империи и за её пределами, и к нему стали приходить иноки, даже из таких отдалённых земель, как Грузия, Армения, Италия и Калабрия. В конце своей жизни Афанасий Афонский написал «Завещание», в котором содержатся предписания о порядке поставления игумена, о преемниках Афанасия Афонского, богослужебные указания, составленные на основе студийского «Ипотипосиса»; завещание дополняет положения Устава лавры.