Вместо сведённого с престола митрополита Иоасафа на Московскую кафедру в 1542 г. вступил святитель Макарий. По его благословению и повелению царя Ивана IV было написано «Житие» преподобного Даниила. Рассказ об обретении мощей Андрея Переяславского в 1539 г., помещённый в этом «Житии», вероятно, был подтверждён установлением празднования Андрею Переяславскому. Исследователи считают, что вторичное установление местного празднования Андрею Переяславскому относится ко времени завершения работы над «Житием» – к 1563 г. Впоследствии имя Андрея Переяславского было включено в святцы. Под 27 октября «обретение мощей святаго благовернаго князя Андрея Смоленскаго, иже в Переяславле Залесском» отмечено в Месяцеслове Симона (Азарьина) середины 1650 гг. Кроме того, память Андрея Переяславского под 30 ноября отмечена в Кайдаловских святцах конца XVII в. Указом Переяславской консистории от 14 августа 1749 г. было предписано поминать Андрея Переяславского на литиях и отпустах по всей Переяславской епархии. Исследователи предполагают, что после обретения мощи Андрея Переяславского были устроены «под спудом» внутри возобновлённой деревянной церкви святителя Николая, которая с тех пор именовалась и церковью благоверного князя Андрея. Во время одного из пожаров церковь полностью сгорела, но надгробие Андрея Переяславского, на котором находилась пелена и иконы Пресвятой Богородицы и святого, остались целы. В 1714 г. на месте деревянного храма был выстроен каменный, и при нём учреждён девичий монастырь во имя князя Андрея Смоленского и Переяславского, упразднённый в 1764 г. В дальнейшем при церкви святителя Николая были устроены приделы: в честь Димитрия Солунского и в честь князя Андрея Смоленского и Переяславского (с 1812 г.); церковь была приходской, разрушена в советское время. Второе обретение мощей Андрея Переяславского совершилось в 2000 г., на месте обретения установлен деревянный крест. В настоящее время его мощи покоятся в переславль-залесском на Болоте во имя святителя Николая женском монастыре. В Минее под 27 октября (в день обретения мощей Андрея Переяславского) помещена бденная служба. В службе Собора Ростово-Ярославских святых Андрей Переяславский упомянут в славнике стиховных стихир вечерни, а также в третьем тропаре восьмой песни канона утрени. Одним из ранних его изображений является фреска 1662–1668 гг., выполненная артелью Гурия Никитина, на южной грани юго-западного столпа Троицкого собора Данилова переславль-залесского монастыря.