В течение двух лет Арсений Элассонский преподавал во львовской школе греческий и церковнославянский языки, составил для неё учебную программу («Порядок школьный»), ориентируясь на школы, в которых учился у себя на родине. По образцу «Грамматики» Константина Ласкариса написал двуязычную «Грамматику доброглаголиваго еллинословенскаго языка» (Львов, 1591 г.). В 1586 г. патриарх Иеремия II в третий раз вступил на Константинопольскую кафедру. Состояние церковных дел было плачевным, и патриарх решил отправиться в Москву за милостыней. 1 мая 1588 г. Арсений Элассонский получил грамоту Иеремии, предлагавшего ему приехать в Замостье: здесь патриарх должен был встретиться с канцлером Яном Замойским для получения разрешения польского короля на проезд через его страну. 20 мая Арсений Элассонский соединился с патриархом в Замостье и выразил желание сопровождать его до русской столицы вместе с Монемвасийским митрополитом Иерофеем, архимандритом Христофором, архидиаконом Леонтием, Георгием Логофетом, Николаем Аристотелем и др. 11 июля 1588 г. посольство прибыло в Москву. Арсений Элассонский принимал участие в переговорах русского правительства с патриархом Иеремией II относительно учреждения в России патриаршества, поддержал эту идею (среди членов греческого посольства существовали острые противоречия по вопросу об учреждении патриаршества). Принял также участие в избрании Патриарха всея Руси, состоявшемся 23 января 1589 г. в Успенском соборе, доставил во дворец к царю акт избрания. 26 января патриарх Иеремия II в сослужении митрополита Иерофея, Арсения Элассонского и русских архиереев рукоположил митрополита Иова в патриарха. На торжественных обедах, устроенных царём и царицей в честь Иеремии II, члены греческого посольства получили богатые дары. В феврале того же года патриарх Иеремия II совершил поездку в Троице-Сергиев монастырь и в мае 1589 г. покинул Москву. Арсений Элассонский получил от царя Фёдора Ивановича разрешение остаться в русской столице, его дом находился в Кремле, недалеко от царского дворца. В мае 1591 г. Тырновский митрополит Дионисий доставил в Москву акт Константинопольского собора 1590 г., утверждавший создание Московского патриархата. Арсений Элассонский был привлечён для рассмотрения этого документа, отвергнутого русским правительством из-за того, что в ряду православных патриархов Московскому патриарху отводилось пятое место. 12 февраля 1593 г. Собор восточных иерархов в Константинополе ещё раз признал законность учреждения в России патриаршества и подтвердил пятое место Московского патриарха в ряду других православных патриархов. Доставленный в Москву акт был признан русскими властями, однако архимандрит Неофит и чтец Иоасаф, которые привезли этот документ, испытали в России немалые трудности, прежде чем в 1597 г. смогли возвратиться к себе.