Приехав в Пермь, стал готовить духовенство и паству к предстоящему общегородскому крестному ходу, который состоялся в четверг по Пасхе, 9 мая 1918 г., в день памяти Стефана Пермского. Во главе с Андроником в нём приняли участие несколько тысяч верующих Перми. Напутствуя расходившиеся по своим храмам крестные ходы, архиепископ обличал гонителей церкви, посягнувших на церковное имущество. Святитель анафематствовал «посягающих на храм Господень, доколе они не исправятся». 11 мая 1918 г. Андроник писал патриарху Тихону: «Я пока на свободе, но, вероятно, скоро буду арестован. Признаки полной анархии. На случай ареста оставлю распоряжение о закрытии всех градо-Пермских церквей. Пусть считаются с самим народом». На случай ареста он подготовил распоряжение: «Арестованный рабоче-крестьянским правительством, запрещаю священно-церковнослужителям города Перми и Мотовилихи совершение богослужений, кроме напутствия умирающих и Крещения младенцев». 14 июня власти приказали Андронику явиться в юридический отдел исполкома для допроса. Узнав об этом, верующие Перми собрались на соборной площади; власти отменили приказ и прислали допросный лист святителю на дом. В этот же день в губисполком поступило прошение исполнительного комитета Союза приходских советов Пермской епархии разрешить ему выезд в Москву по делам Союза. Разрешение на выезд власти не дали. В ЧК было решено арестовать Андроника и расстрелять. В связи с этим постановили объявить военное положение в городе и привести в состояние боевой готовности все имеющиеся войска. Начальнику конной городской милиции приказали поставить по два конных милиционера против окон всех городских церковных сторожек на тот случай, если кто-либо из звонарей захочет подняться на колокольню (зазвонившего в колокол велено было расстрелять). В ночь на 17 июня вооружённый отряд чекистов ворвался в архиерейский дом. Бодрствовавший Андроник вместе с двумя священниками был арестован. Ночью и днём 17 июня он находился под стражей в помещении милиции в Мотовилихе. Узнав об аресте, верующие стали собираться перед зданием милиции, требуя освобождения архипастыря. Были арестованы две женщины, остальных разогнали. 19 июня Андроник находился в камере Пермской ЧК. В первом часу ночи 20 июня его вывели из камеры, повезли по Сибирскому тракту, на пятой версте свернули в лес. Проехав около 100 сажен, остановили лошадей и велели Андронику копать могилу. По немощи святитель копал медленно, палачи ему помогали; когда закончили, приказали лечь в землю. Перед смертью Андронику разрешили помолиться. Архиепископ молился около 10 минут, затем сказал: «Я готов». Святитель был закопан в землю живым, расстрелян сквозь слой земли. В 1999 г. Андроник был причислен к лику местночтимых святых Пермской епархии. На Архиерейском Соборе РПЦ 2000 г. внесён в Собор новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания.