3 марта 1926 г. здания Авраамиева ростовского монастыря были официально переданы Ростовскому музею древностей, однако община продолжала существовать до 16 июля 1929 г., когда она была ликвидирована постановлением Президиума ВЦИК. После её закрытия духовенство, окормлявшее членов общины (архимандрит Сергий (Озеров), иеромонах Павел (Баляба), диакон Онисим Слинько) служило в Успенском соборе Ростова; дальнейшая их судьба неизвестна. По воспоминаниям современников, после прекращения богослужений в монастыре остались лишь монахини Маргарита, Елена, Агафия и Трифена, духовно окормлявшиеся архимандритом Симеоном (Филипповым) из ростовского Петровского монастыря. Монахиня Маргарита прожила в бывшем монастыре до конца XX в., остальные сёстры были репрессированы. С 1919 г. помещения настоятельского, братского корпусов и первого этажа Введенского храма, а с 1925 г. – трапезной, пристроенной к настоятельскому корпусу, занимали разнообразные жилищные конторы Ростова. В некоторых зданиях были устроены жилые помещения для работников фабрики «Рольма», в настоятельском корпусе недолгое время размещалась тюрьма. Кроме того, комитет социального обеспечения разрешил реквизировать в Авраамиевом ростовском монастыре помещения для детских яслей – Введенский храм. Вероятно, в 1919 г. в нём прекратились богослужения. В 1929 г. была разобрана монастырская ограда, снесено кладбище, на месте которого планировалось разбить сквер. По инвентарной книге бюро технической инвентаризации, второй этаж Введенского храма в 1961 г. занимал санаторий отдела здравоохранения Ростовского горисполкома. Согласно той же книге, в 1967–1988 гг. Богоявленский собор и Введенский храм занимал Государственный музей Ростовского кремля. Храм Иоанна Богослова, а также иконы из его иконостаса в селе Богослов в 2000 г. принадлежали Государственному музею Ростовского кремля. В 1993 г. в Авраамиевом ростовском монастыре было учреждено подворье храма Нерукотворного образа Спасителя московского Андроникова монастыря, преобразованное в 1994 г. в Патриаршее подворье. Обязанности настоятеля подворья в Авраамиевом ростовском монастыре исполняет настоятель храма Нерукотворного образа протоиерей Вячеслав Савиных. В 2000 г. храмы и корпуса Авраамиева ростовского монастыря находились на балансе департамента по туризму и культуре Ярославской области и были переданы Патриаршему подворью в безвозмездное пользование. 16 декабря 1994 г. состоялось малое освящение Никольского надвратного храма, в котором начались регулярные богослужения. С 1995 г. трудами насельников подворья началось восстановление Богоявленского собора, с 1996 г. – братского корпуса и других зданий, монастырского хозяйства, кладбища, огородов и садов. 26 декабря 2003 г. Патриаршее подворье указом Священного Синода преобразовано в женский монастырь.