29 августа 1911 г. Андрей отбыл из Казани в Сухуми, где продолжил миссионерскую работу, учредив первый печатный церковный орган в епархии – «Сотрудник Закавказской миссии» (1912–1916 гг.). За короткое время управления Сухумским викариатством он способствовал открытию новых храмов и школ, посетил все подведомственные ему приходы, много служил, снискав уважение как русской, так и абхазско-грузинской паствы. 22 декабря 1913 г. Андрей был переведён на Уфимскую кафедру, активно занимался благотворительной деятельностью: способствовал открытию и содержанию приютов, оказывал помощь сиротам, бедным, инвалидам, вёл духовно-просветительскую работу – организовывал школы и училища, создавал народные библиотеки, учредил несколько периодических изданий. В 1914 г. Андрей обратился к уфимским земцам с призывом объединить усилия церкви и земства для помощи церковноприходским школам, в ответ на обращение земские собрания Уфимского, Златоустовского, Стерлитамакского и других уездов выделили епархии необходимые суммы на финансирование школ. Разделяя многие идеи славянофильства, он в 1916 г. основал и стал председателем Восточнорусского культурно-просветительского общества, имевшего целью «содействие развитию духовных и материальных сил русской народности в восточной части России», в частности, через «сближение местного инородческого населения с русским народом на почве взаимного уважения и приобщения к русской образованности и гражданственности». При обществе Андрей учредил журнал «Заволжский летописец» (1916–1918 гг.), кряшенскую газету «Дус» («Друг»; 1916–1918 гг.); поддерживал издание газеты на чувашском языке, являлся членом Уфимского губернского попечительства детских приютов, попечительства о глухонемых, губернского попечительства о тюрьмах и других губернских комитетов и обществ. В 1914 г. в «Уфимских епархиальных ведомостях» Андрей опубликовал «Письма к пастырям Уфимской епархии», где изложил своё понимание задач современной церковной жизни. По его мнению, характерная для синодального периода зависимость церкви от государства стала причиной превращения приходского духовенства в требоисполнителей, а высшей церковной иерархии – в государственных чиновников, что разрушило органичную связь между духовенством и паствой и привело к оскудению веры в народе. Оценивая церковно-государственные отношения в Российской империи как цезарепапистские, Андрей критиковал вмешательство обер-прокуроров и Григория Ефимовича Распутина (1869–1916 гг.) в дела церкви. Восстановление церковной жизни он видел в возрождении прихода, усилении активности мирян, во влиянии приходского духовенства на общественную жизнь посредством учреждения в приходах под руководством настоятеля школ, больниц, богаделен, библиотек, ремесленных училищ и др.