2 февраля иеросхимонах Антоний, архимандрит Давид и все «единомысленные с ними» были запрещены афонским Кинотом в священнослужении и вскоре вызваны на суд в Константинополь как виновники восстания, скит апостола Андрея был подвергнут церковному отлучению. В результате действий российского посольства в Константинополе русские афонские монахи в течение пяти месяцев не получали почту, денежные переводы и продовольствие. В 1913 г. имяславие было разобрано комиссией Халкинской богословской школы во главе с митрополитом Селевкии Германом. Комиссия рекомендовала Святейшему Синоду РПЦ осудить учение как хульное и еретическое, 5 апреля 1913 г. новый Константинопольский патриарх Герман V (1913–1918 гг.) отправил соответствующую грамоту на Афон. 16 мая было созвано экстренное заседание Синода РПЦ по вопросу имяславия под председательством митрополита Санкт-Петербургского Владимира (Богоявленского), на котором были заслушаны доклады архиепископов Волынского Антония (Храповицкого) и Вологодского Никона (Рождественского), профессора Санкт-Петербургской духовной академии Сергея Викторовича Троицкого, послужившие основой для послания Святейшего Синода русским инокам от 18 мая 1913 г., составленного архиепископом Сергием (Страгородским), в котором содержалось подробное опровержение имяславия. Архиепископ Никон и профессор С.В. Троицкий были отправлены на Афон для прекращения смуты. В июле началось насильственное выселение имяславцев из Пантелеимонова монастыря и скита апостола Андрея. Согласно докладу архиепископа Никона Святейшему Синоду, 3-часовое увещевание имяславцев добровольно идти на пароход успеха не имело, и тогда солдаты начали выгонять монахов из скита сильными струями холодной воды; насельники скита защищались иконами. Раненых монахов (названных «оцарапанными», согласно донесению) было около 25 чел. Всего в ночь выдворения было похоронено четверо убитых и зарегистрировано 46 чел. с колотыми и резаными ранениями. На пароходах «Херсон» и «Чихачёв» в Одессу было вывезено 833 инока-имяславца. Из них 8 чел., признанные в сане и монашестве, были отправлены на подворье скита апостола Андрея, 40 чел., обвинённых в уголовных преступлениях, были заключены в тюрьму, остальные «в мирском одеянии» отправлены «для водворения на родину». Указом Синода от 24 августа 1913 г. иноки, не принявшие послания Святейшего Синода, запрещались в священнослужении и причащении Святых Таин. В послании к Синоду РПЦ патриарх Герман V выразил пожелание, чтобы изгнанные монахи даже в случае раскаяния не могли быть возвращены на Афон. По Бухарестскому договору от 26 августа 1913 г. Афон вошёл в состав Греции. С этого времени начался постепенный упадок скита. В 1914 г., в ходе Первой мировой войны, турецким правительством были закрыты проливы, и традиционная связь русских афонских обителей с Россией через Чёрное море и Одессу была прервана. Одновременно на фронт были мобилизованы русские святогорцы, в том числе значительная часть оставшихся насельников скита апостола Андрея.