Скит должен был содержаться за счёт пожертвований из России и процентов с капитала в 50 тыс. руб. (ктитором обители стал А.Н. Муравьёв). 22 октября 1849 г. состоялось торжественное открытие скита апостола Андрея, литургию совершил проживавший на покое в Ватопеде митрополит Адрианопольский Григорий в сослужении многих архиереев. Накануне, 21 октября, был составлен акт, определявший взаимоотношения скита апостола Андрея и Ватопеда, подтверждённый в декабре 1849 г. грамотой Константинопольского патриарха Анфима IV (1842–1845, 1848–1852 гг.). Согласно акту, скит апостола Андрея подчинялся Ватопеду, которому должен был ежегодно выплачивать подать в размере 1,5 тыс. левов (300 руб.). Скиту дозволялось иметь печать с изображением апостола Андрея Первозванного и преподобного Антония Великого, которую он мог использовать в документах в пределах Святой горы, а за её пределами – с ведома Ватопеда. Юридическое положение скита апостола Андрея в ряду афонских монастырей и скитов в XIX в. определялось так называемыми «общими канонизмами Святой горы Афон» (1911–1912 гг.). Скит апостола Андрея получал от Ватопеда во владение земельный участок с рощей, лугом, виноградником и водяной мельницей, а также право пользоваться источниками келий Иоанна Предтечи и святителя Николая, принадлежавших Хиландарскому монастырю; скиту разрешалось иметь мулов, а также лодки и барки, необходимые для ведения хозяйства. Игумен скита апостола Андрея избирался братией скита и утверждался Ватопедом, первым игуменом и духовником братии стал иеросхимонах Виссарион, казначеем – иеросхимонах Варсонофий. Настоятель управлял скитом совместно с собором старцев, не признанным Ватопедом официально и состоявшим из казначея, благочинного, духовника и нескольких избранных братий. Число братии скита апостола Андрея не должно было превышать 13 чел., но могло быть увеличено в случае приобретения скитом новых земель. Постриги в иночество совершал настоятель, уведомляя об этом Ватопед, миряне принимали постриг через год, монахи причислялись к братии скита после испытательного срока в шесть месяцев; после испытания нередко постригали не только в рясофор или мантию, но и в схиму, которую перед кончиной принимали все насельники, включая юных. Епископ Порфирий, посетивший Афон в 1858 г., сообщает об особенностях устава скита апостола Андрея. Вечерня продолжалась с 8 до 10 ч. (по афонскому счёту времени), после неё братия шла к трапезе, затем – к повечерию. После повечерия каждый инок исповедовался своему старцу и исполнял у себя в келье вечернее правило, назначаемое старцем; после повечерия еда и питьё воспрещались. Полунощница и утреня начинались в 1 или 2 ч. после полуночи, за час до этого исполнялось утреннее келейное правило. Простая утреня длилась 2 ч., полиелейная – 3 ч., после окончания служилась заупокойная лития, спустя час – ранняя литургия, длившаяся 2 ч., т.к. во время неё читался помянник благотворителей скита апостола Андрея. По субботам после литургии служилась соборная панихида о ктиторах и благотворителях.