Религиовед Сергей Игоревич Иваненко указывает, что некоторые представители антикультового движения в России выступают неформальными авторами (или соавторами) концептуальных подходов к решению проблем взаимоотношений государства и религиозных объединений, и это, по его мнению, таит потенциальную угрозу обострения межрелигиозных противоречий в российском обществе, которое «нуждается в консолидации». В ответ на критику со стороны светских религиоведов в России, российские антисектанты говорят о финансировании ряда религиоведов из средств новых религиозных движений. Александр Дворкин, в частности, высказал мнение, что категория людей, активно участвующая в защите НРД, это бывшие профессиональные атеисты, которые после падения коммунизма лишились своей высокооплачиваемой работы и, в поисках заработка, предложили свои услуги сектам. В качестве примера таких экспертов он привёл Сергея Иваненко и Михаила Сиверцева. Среди православных деятелей такие исследователи, как протоиерей Владимир Филиппович Фёдоров (род. в 1945 г.) и преподаватель сектоведения Роман Михайлович Конь (род. в 1960 г.), критикуют использование силовых методов, предлагая сосредоточиться не на сборе компрометирующих материалов, т.к. подобные методы могут подорвать авторитет церкви, разжигают межрелигиозную рознь и вражду, а на богословской полемике. Международная научно-практическая конференции «Тоталитарные секты и право человека на безопасное существование», проведённая под эгидой FECRIS в Санкт-Петербурге в мае 2009 г., показала возможность Министерства юстиции Российской Федерации опереться в своей законотворческой деятельности и практической работе на опыт зарубежных и отечественных представителей антисектантского движения. Так, доклад заместителя Министра юстиции Российской Федерации Алексея Михайловича Величко (род. в 1963 г.) был посвящён «Возможности координации европейского и российского опыта в противодействии тоталитарным сектам», а министр юстиции Александр Владимирович Коновалов (род. в 1968 г.) прибыл на конференцию и провёл встречу с руководством FECRIS. Антисектантскую деятельность в России осуждал Государственный департамент США в ряде отчётов своего Бюро по международной религиозной свободе. 1 мая 2009 г. Комиссия США по международной религиозной свободе представила Конгрессу США и общественности список стран, в которых наблюдаются проблемы в обеспечении религиозной свободы. Россия оказалась в «списке особого внимания» (наряду с Афганистаном, Белоруссией, Кубой, Египтом, Индонезией, Сомали, Таджикистаном, Турцией и Венесуэлой). Некоторые исследователи обращают внимание на сотрудничество российского антисектантского движения с Московской патриархией. Деятели антисектантского движения неоднократно удостаивались высоких наград Русской православной церкви. На Первом миссионерском съезде (1997 г.) Александром Дворкиным был представлен доклад «Типология сектантства и методы антисектантской деятельности Русской Православной Церкви». В 2002 г. в Екатеринбурге под эгидой Полномочного представителя Президента РФ в Уральском федеральном округе Петра Михайловича Латышева (1948–2008 гг.) прошла научно-практическая конференция «Тоталитарные секты – угроза религиозного экстремизма». Приветственное письмо участникам конференции направил патриарх Московский и всея Руси Алексий II. На конференции единогласно 303 участниками была принята «Итоговая декларация», в Приложении к которой дан список «Наиболее известных деструктивных тоталитарных сект и групп, обладающих значительным числом признаков таковых, действующих в Российской Федерации». В списке приведено более 300 наименований «тоталитарных сект» и указано, что этот список далеко не полон. Религиовед Игорь Яковлевич Кантеров считает отрицательное отношение Русской православной церкви к НРД и другим нерелигиозным или околорелигиозным группам вполне естественным и понятным, поскольку эти движения и группы, как правило, имеют вероучения и социальные программы, во многом отличные от учения и практики православия. Существует критика антисектансткого движения со стороны представителей РПЦ. Например, со стороны Романа Михайловича Коня и протоиерея Олега Викторовича Стеняева (род. в 1961 г.) – тех исследователей сектантства, кто является приверженцем «миссионерского подхода» к последователям других религий. С другой стороны, Владимир Мартинович полагает, что в наше время до 99% всех православных исследователей «в гармоничном соединении» антикультового и богословского подходов к «сектам» возвращают огромное количество людей в православную церковь. По его мнению, критиковать антисектантское движение надо будет тогда, когда богословский подход станет более действенным, а весь «положительный потенциал антикульта» будет исчерпан. Приказом Министра юстиции России от 3 марта 2009 г. № 61 образован Экспертный совет по проведению государственной религиоведческой экспертизы при Министерстве юстиции Российской Федерации, состав которого вызвал протест ряда учёных и неправославных религиозных деятелей. В Манифесте в защиту светского государства, представленном для обсуждения общественности во время акции «Инквизиторам – нет!», организатором которой выступил Славянский правовой центр 10 июня 2009 г., заявлялось, что публикации и выступления антисектантского движения нарушают права некоторых категорий граждан.