В соборе-усыпальнице стоят 46 княжеских гробниц московских князей и царей, начиная с Ивана Калиты и кончая Иваном Алексеевичем, братом Петра I (1689–1725 гг.). Исключение составляют благоверный князь Даниил Александрович, погребённый в Даниловом монастыре, и князь Юрий Данилович, брат Ивана Калиты, похороненный в Успенском соборе, а также Борис Фёдорович Годунов (1587–1605 гг.). Его останки были выброшены отсюда в 1606 г. Дмитрием Самозванцем и отвезены в Троице-Сергиеву лавру. Здесь же находится могила национального героя времён польско-литовской интервенции Михаила Васильевича Скопина-Шуйского (1586–1610 гг.). В Архангельском соборе похоронен также император Пётр II Алексеевич (1727–1730 гг.), умерший в Москве от оспы. Здесь же были упокоены мощи князей Михаила Всеволодовича Черниговского и его боярина Фёдора, погибших в Орде в 1246 г. Кроме того, в соборе находятся гробницы многих удельных князей из Московского княжеского дома (Юрия Звенигородского, Василия Косого, Юрия Дмитровского, Василия Ярославича Боровского, Андрея Углицкого), а также героя Куликовской битвы Владимира Храброго, князя Серпуховского. До Петра I существовал обычай класть на гробницы князей и царей челобитные, которые были адресованы непосредственно царю. В 1636–1637 гг. все древние надгробия были заменены новыми, выложенными из кирпича, с резными белокаменными стенками (в 1903 г. надгробия были покрыты бронзовыми футлярами). Над погребением царевича Димитрия, останки которого были перенесены в собор в 1606 г. Василием Шуйским, высится белокаменная сень, украшенная резьбой (установлена в 1638 г.; литая бронзовая решётка XVII в.). На серебряной раке надгробия – чеканное изображение царевича. Ныне существующий иконостас, установленный на месте прежней алтарной преграды, был сделан в 1681 г. артелью мастеров во главе с И. Недумовым. В 1813 г. колонны нижнего яруса и средней части верхних ярусов были заменены новыми (одновременно была изготовлена и резьба царских врат). Росписи Архангельского собора неоднократно реставрировались. Серьёзная реставрация и поновление иконостаса были произведены после 1812 г. Большая часть икон написана в 1680–1681 гг. Д. Золотарёвым, Ф. Зубовым и М. Милютиным. Главной святыней собора является храмовая икона «Михаил Архангел с житием» – одна из самых древних на Руси житийных икон этого небесного воителя. Легенда связывает её создание в конце XIV в. с именем княгини Евдокии, вдовы Дмитрия Донского. Из пышной церковной утвари Архангельского собора мастерством исполнения выделяется золотой потир, украшенный драгоценными камнями и отделанный чеканкой, чернью и резьбой – вклад Ирины Годуновой в 1598 г. Внутри храма слева от Царских Врат в местном чине находится икона Божьей Матери «Благодатное небо» (другое название образа «Что Тя наречем»; празднование 6 марта). Наименования иконы восходят к написанному на иконе тексту богородична первого часа (см. Богородичны): «Что Тя наречем, о Благодатная? Небо, яко возсияла еси Солнце Правды; рай, яко прозябла еси цвет нетления; Деву, яко пребыла еси нетленна; Чистую Матерь, яко имела еси на святых Твоих объятиях Сына, всех Бога. Того моли спастися душам нашим». Почитание иконы в XIX в. связано с деятельностью митрополита Филарета (Дроздова; 1782–1867 гг.), который в 1853 г. в период поновления иконостаса Архангельского собора распорядился собрать о ней исторические сведения.