Первое крупное произведение испанского периода, созданное Берругете в 1525 г., – это алтарь для доминиканского монастыря Ла Мехорада в старом городке Ольмедо по дороге между Вальядолидом и Мадридом (ныне Вальядолид, Музей религиозной скульптуры). Самая капитальная работа – деревянное раскрашенное ретабло церкви (ретабло в христианском искусстве Западной Европы – запрестольная композиция, обычно в виде высокой стенки – многоярусного сооружения, включающего множество скульптурных и живописных изображений, орнаментальную резьбу, обычно из дерева или гипса, с позолотой и росписью) Сан Бенито в Вальядолиде (1526–1532 гг., Вальядолид, Музей национальной скульптуры), разрозненное и состоящее из многих композиций, рельефов, статуй святых и пророков, овеяно взволнованной одухотворенностью. Особенно известна статуя св. Себастьяна. Изображение этого святого имело прочную традицию в искусстве итальянского Возрождения, но было мало знакомо Испании. Берругете отказывается от трактовки образа Себастьяна как олицетворения героической сущности человека. Сохраняя идеальность пропорций, он подчеркивает угловатость форм, бесплотность фигуры святого, что соответствовало религиозным требованиям в изображении бренной телесной красоты. И все же статуя этого мальчика с хрупким беззащитным телом, который мучительно изогнулся, привязанный к дереву, пытаясь освободиться от связывающих его пут, полна острого ощущения жизни, подлинного драматизма. Подчеркнутой экспрессии, вычурности поз, жестов, мимики персонажей Берругете сопутствует не менее сильное впечатление их декоративной красоты, что особенно сказывается в цветовом решении. Применена традиционная испанская техника раскраски деревянной скульптуры, когда составляющий основу золотой фон создает эффект мягкой светозарности. Переливчатые теплые красноватые и холодные голубовато-сизые тона, тончайший золотистый свет одежд уподобляют скульптуру драгоценному изделию. С годами искусство Берругете приобретает более гармоничную духовную содержательность, диапазон его творческих возможностей расширяется. Ретабло (1537 г.) в церкви Сантьяго в Вальядолиде с центральной группой «Поклонение волхвов» мастер решает в спокойных, монументализированных формах. К числу исполненных глубокого чувства созданий мастера принадлежит скульптурная группа, изображающая встречу Марии и Елизаветы в алтарной композиции церкви св. Урсулы в Толедо (1546 г., Толедо, Музей Санта Крус). Работая в Толедо с 1539 г., Берругете достигает вершины мастерства в произведениях для хора толедского собора.