Предание гласит, что когда через 8 лет после кончины святителя вскрыли его гробницу, то увидели тело патриарха нетленным, «лишь на правой руке, которая держала посох, не было двух или трех пальцев. Священная одежда с его тела упала и сотлела, кресло сгнило. Целыми остались только палица и посох». 1 февраля 1662 г. был совершен соборный чин канонизации святителя Афанасия. Установлено празднование его памяти 2 мая, в день памяти одноименного ему святителя Афанасия Великого, александрийского патриарха. Нетленные мощи стали предметом почитания верующими православной Руси. Слава об исцеляющих мощах Афанасия Сидящего распространилась далеко за пределы Лубенщины, и тысячи людей приходили во Мгарский монастырь прикоснуться к мощам в позолоченной гробнице, обильно получая исцеления от недугов. Так продолжалось до прихода к власти большевиков. В 1922 г. в Лубнах началось изъятие церковных ценностей, и вскоре из Харькова приехал нарком Середа с письмом от Петровского с требованием изъять гроб Афанасия Сидящего, сделанный из чистого серебра весом в 4 пуда 10 фунтов. В ответ население не только Лубен и его уезда, но и других районов Полтавщины повалило в монастырь, не давая комиссарам приблизиться к мощам святого, окружив собор живим кольцом в десятки тысяч людей. Церковная служба шла круглосуточно, священники сменяли друг друга через каждые 3–4 часа, а народ ежедневно прибывал. Тогда власти начали в районе монастыря военные учения с пулеметной и артиллерийской стрельбой и криками «ура», прислав до 3000 солдат и курсантов, но и маневры не смогли разогнать народ. Только с началом уборочной страды люди стали расходиться. Монахи сами переложили мощи Афанасия в деревянный гроб, а серебряную раку комиссары отвезли в Харьков. Туда же позже были перенесены и мощи святителя, где они вначале хранились в музее, а в 1948 г., по инициативе архиепископа Стефана (Проценко), были перенесены в Благовещенский кафедральный собор, где святыня пребывает и по сей день. С именем святителя Афанасия также связана чудотворная икона Божьей Матери «В скорбях и печалях утешение», посланная после его кончины на Афон, но вновь принесенная в Россию в 1863 г. и тотчас прославившаяся чудесами.