Признав лютеранство в качестве конфессии, равноправной с католицизмом, Аугсбургское соглашение впервые в Европе выработало способ мирного сосуществования нескольких вероисповеданий в рамках одного государственного образования. Благодаря этому была восстановлена работоспособность государственных институтов империи, в том числе рейхстага, имперского суда и самого поста императора, и сделан важный шаг на пути трансформации Священной Римской империи в соответствии с требованиями Нового времени. Сословия имперского общества получили гарантии сохранения своих прав, была достигнута относительная социальная стабильность. Система равновесия, заложенная Аугсбургским миром, позволила сохранять мир и спокойствие в Германии на протяжении более половины столетия (до начала XVII в.). В немецкой историографии Аугсбургский религиозный мир часто рассматривается как одна из важнейших общественно-политических вех в развитии страны и начало так называемой «конфессиональной эпохи», охватывающий период с 1555 по 1648 гг. (до Вестфальского мира). Тем не менее, в компромиссных формулировках Аугсбургского мира содержались потенциальные угрозы для стабильного развития империи. Непризнание договором кальвинистского вероисповедания, наряду с расплывчатостью понятия лютеранства в тексте соглашения, создали почву для особого пути развития реформатской церкви в Германии, характеризующегося острой конфликтностью как с католицизмом, так и с лютеранством, а также ее маргинализацией в рамках имперской структуры. Отсутствие правовых гарантий для подданных иного вероисповедания (чем тех, которых придерживался правитель) означало потенциальную возможность применения силы князьями для обращения населения своих владений в ту или иную религию. Это было особенно опасно в условиях нарастания конрреформационных тенденций в католическом лагере. Кроме того, хотя Аугсбургский мир был нацелен на установление стабильности и поддержание статус-кво в империи, предоставленное имперским сословиям право выбора религии создало перспективы для дальнейшей территориальной экспансии лютеранской конфессии, с одной стороны, и реставрации католицизма в протестантских княжествах, с другой. Это вело к возобновлению конфликта между обеими религиозными группировками, эскалация которого в начале XVII в. вылилась в Тридцатилетнюю войну. См. также, Аугсбургское исповедание, Реформация.