Отношение Афраата к иудеям и иудейской культуре – тонкий и сложный вопрос: с одной стороны, за его интуицией и культурой определенно прослеживается иудейский фон, но не раввинистический, а скорее, «неортодоксальный», вроде ессейского. В то же время именно Афраат выступает резким обличителем иудеев, обвиняя их в идолослужении и богопредательстве. Для него характерен заметный ромейский патриотизм, что позволило С. Броку характеризовать его позицию как «разделенное подданство» (divided loyalties). Историософия Афраата основана на Книге пророка Даниила. То, что называют «символом Афраата», состоит в исповедании Единого Бога, сотворившего небо и землю и человека по подобию Своему, принявшего жертву Авеля, вознесшего Еноха, укрывшего Ноя за его праведность, говорившего с Моисеем о его смирении, «глаголавшего пророки» и пославшего в мир Мессию. Афраат ясно исповедует веру в воскресение мертвых, в то, что христиане силой Крещения наследуют бессмертие. Евхаристию он именует «возвращением в Едем». Аскетика Афраата – самая оригинальная и интересная часть его наследия. Именно она вызывает наибольшее количество споров среди современных исследователей, поскольку адресована «сынам и дщерям Завета» – некоему сообществу аскетов, которое большинство современных ученых считают церковной формой раннего сирийского аскетизма или «протомонашества». Афраат, придерживаясь динамической антропологии, настаивал на единстве человека, не выделяя в нем отдельных частей: весь человек есть «душа живая», оживленная Духом (в отличие от понимания «души» в еврейской традиции), который Бог вдохнул в Адама. Тело же есть элемент, понесший раны греха, и потому имеет измерение рабское и называется «плотью», но оно же одухотворено и имеет вертикаль, именуемую «сердце», в которое и зрит Бог. В человеке присутствует (буквально – сокрыт, схоронен) «одушевленный дух», который и должен воскресить его после Второго пришествия, до этого момента рай закрыт и одухотворенные души находятся во сне, который разрешится при гласе трубном в последние времена. Афраат выступал ревнителем чистоты христианской жизни и видел в брачном сожительстве препятствие к «осуществлению» христианина, который должен стремиться к святости. По его мнению, брак есть отступление от христианского идеала, и он рекомендует вступать в него до крещения. Именно с этим связана его оригинальная экзегеза (толкование) на Быт 2. 24 и Мф 19. 5: Афраат считал, что под Отцом имеется в виду Отец Небесный, а под Матерью – Святой Дух, Которых и оставляет женатый человек ради брачного сожительства (Гомилия 18. 10). Указание на благословение размножения Афраат называет «жидовствованием» и противопоставляет ему благословение святости, т.е. девства. Это его воззрение хорошо вписывается в общий контекст сирийской аскетики: слово «каддишут» – один из аскетических терминов, переводимых на русский язык как «святость», что означало «состояние людей, находящихся в браке, но давших обет взаимного воздержания». Афраат указывает на необходимость сохранения чистоты сердца, которую именует «истинной молитвой», а также на чистую молитву сердца, совершаемую тайно. Из его писаний известно о представителях раннего типа восточносирийских церковнослужителей – «сынах и дочерях Завета, которые, по предположению исследователей, были аналогичными иудейским низшим служителям в собрании верующих.