Восточное христианство исповедовали монгольские послы, убитые русскими князьями в 1223 г., а также второй хан Золотой Орды сын Батыя Сартак (умер в 1256 г.). Когда в 1258 г. монгольские войска заняли Багдад, хан Хулагу подарил католикосу Востока дворец халифа для устройства резиденции. Но уже к концу ХІІІ в. в разных частях начавшей распадаться империи Чингизидов приходят к власти сторонники ислама и буддизма, а несторианство из покровительствуемой религии превращается в преследуемую. Золотоордынский хан-мусульманин Берке (1257–1266 гг.) устроил резню несториан в Самарканде, а в 1313 г. хан Узбек (1313–1342 гг.) объявил ислам государственной религией Золотой Орды. В конце XIV в. Тамерлан, а в XV в. «гуманист» Улугбек вырезают восточных христиан почти полностью за отказ принять ислам. Лишь небольшая часть несториан-ассирийцев укрылась в горах Курдистана и таким образом сохранилась до наших дней.  С 1828 г. часть из них переселилась в Закавказье на территорию, контролируемую Российской империей. В результате гонений Узбека часть верующих Ассирийской церкви Востока из Золотой Орды переселилась в Московскую Русь и перешла в православие, а часть поселилась в пограничной степной зоне между Ордой, Русью и Великим Княжеством Литовским (позже Речью Посполитой), где со временем также ассимилировалась среди православных выходцев из Украины и образовала казачество. От тюркских несторианских предков в языке украинских казаков сохранились многочисленные тюркизмы: козак, отаман, чумак, гайдамака, чабан, кайдани, сагайдак, майдан, башлык, гарбуз, кабак и др. Характерной чертой казачества является типично несторианский равносторонний крест с расширяющимися от центра концами. Каменные несторианские кресты до сих пор стоят на старых казацких могилах, тогда как в неказацкой части Украины (в России и в Белоруссии) несторианская форма креста не распространена. С первых веков своего существования Ассирийская церковь Востока проводила активную миссионерскую деятельность. Распространение христианства в Индии, которое, по преданию, начал еще апостол Фома, достигло своей кульминации в IV в., когда, спасаясь от преследований в Персии, 70 ассирийских христианских семей (около 500 человек) со священниками и епископом переселились на Малабарский (Юго-Западный) берег Индостана. Иммигранты смешались с местными жителями, но сохранили свою религию и даже приобщили к ней некоторые индуистские семьи, в том числе из высших каст. Ко времени прибытия первых европейцев в Индию (в XVI в.) здесь насчитывалось около 1500 храмов и 200 тыс. христиан, которые получали своих епископов от ассирийского католикоса. Однако во время португальской оккупации многие малабарские христиане признали унию с Римом (Сирийская Малабарская Католическая Церковь) или, не имея возможности связаться с католикосом Ассирийской церкви Востока, перешли в миафизитство (Сирийская Маланкарская Православная Церковь). Тем не менее, небольшая часть христиан Индии (30 приходов) и сегодня верны Ассирийской церкви Востока. Они образуют автономную Индийскую церковь Востока и подчиняются митрополиту города Тричур, штат Керала. Одним из первых мест Средней Азии, куда проникает христианство, был г. Мерв в южном Туркменистане. Не позднее 334 г. здесь уже существовала епархия, а около 420 г. – митрополия, просуществовавшая, согласно упоминанию в «Кратком собрании соборных правил» Авдишо бар Бриха (умер в 1318 г.), до XIV в.