На поместном соборе, проходившем под председательством католикоса Мар Исхака и «западного» посла Маруты, персидские епископы приняли Никейский Символ веры и реструктуризировали пострадавшую от гонений церковь. На этом же соборе епископ Селевкии-Ктесифона был назван «Католикосом и главой епископов всего Востока». Тем самым была подтверждена изначально существовавшая автокефалия Ассирийской церкви Востока. Антиохийский патриархат был практически единственным в Византии, который поддерживал связь с Персидской церковью, а епископ Марута был представителем именно Антиохийского патриарха. Вероучение и история церкви тесно связаны с Антиохийской школой богословия. Диодор Тарсийский (умер в 394 г.), Феодор Мопсуестийский, Иоанн Златоуст  (около 344/354–407 гг.) и Несторий Константинопольский являются наиболее видными представителями этой школы, которая толковала Священное Писание, стараясь следовать букве текста, а также учитывала конкретную историческую ситуацию, в которой возникла та или иная книга Библии. По мнению антиохийских богословов, Божье откровение проявляется, прежде всего, не в книге, а в истории. Они считали, что Библия является документом, написанным людьми, которые были свидетелями тех исторических ситуаций, в которых действовал Господь. Поэтому в Писании могут быть даже отдельные неточности, а христианам следует искать, прежде всего, исторический смысл Библии, а не переходить к философским абстракциям, далеким от реального текста. С другой стороны, сама история, изображенная в Священном Писании, может быть прообразом мессианских событий, связанных с жизнью Иисуса. Так, например, один из виднейших богословов Антиохийской школы, Феодор Мопсуестийский, считал, что Давид, когда писал в своих Псалмах: «Делят ризы мои между собой и об одежде моей бросают жребий» (Пс. 21(22):19) и «Не оставишь души моей в аду и не дашь святому Твоему увидеть тление» (Пс. 15(16):10), – относил эти слова к себе и к иудейскому народу, а не к ожидаемому Мессии – Христу. Однако сама ситуация, сложившаяся в Израиле во времена Давида и художественно показанная в Псалмах, стала пророчеством о крестной смерти и воскресении Иисуса. Таким образом, антиохийская христология вдохновлялась не философскими умосозерцаниями, а живым евангельским образом Иисуса. Восточные богословы настаивали на полноте человеческой природы Христа, наделенной душой и разумом. Они утверждали, что Иисус как человек мог чего-то не знать, учиться, бороться с грехом, страдать. Человеческая природа Христа была такая же, как и у всех людей, после грехопадения Адама, т.е. склонная к греху. Однако Иисус совершенным Своим послушанием Небесному Отцу, Своей смертью на кресте и воскресением исцелил как Свою природу, так и природу тех людей, которые стали Его учениками. Поэтому Христос является не только человеком, но и вечным Богом Словом, второй ипостасью Святой Троицы. В самый момент сверхприродного зачатия Иисуса Бог Слово личностно соединился с человеком так тесно, что уже нельзя говорить про два отдельных лица и две воли. Отсюда вытекает антиохийская христологическая формула, которая стала основой вероисповедания Ассирийской церкви Востока: две природы, две ипостаси, одно лицо, одна воля. Под природой восточные богословы понимали общее бытие, то, что свойственно всем однородным предметам. Так, человеческая природа присуща всем людям, как природа дерева – всем деревьям. Ипостась – проявление природы в единичном предмете, другими словами, единичный предмет – представитель рода или ряда. Ипостась дерева – это данное конкретное дерево. Человеческая ипостась – это данный конкретный человек вне неповторимых индивидуальных отличий. Лицо – единичный субъект в своей неповторимой уникальности, со всеми отличительными свойствами.