Жалованье учителям не выдавалось, но со времени Константина Великого, который предоставил духовенству много привилегий, они стали получать пособия от государственной казны, а управление учебным учреждением осуществлял епископ. С IV в. Александрийская школа богословия стала постепенно терять свой авторитет, уступая место Антиохийской школе богословия, а после Родона она практически перестала существовать. Негативно повлияли на нее оригенизм и арианство. Климент Александрийский первым в Александрийской школе богословия противопоставил истинное христианское знание эллинскому «лжеименному» гнозису, принимая паулинстическую концепцию веры (см. Паулинизм). Ориген стал первым систематизатором богословия, родоначальником библеистики. В своих поисках параллелей Ветхого и Нового Заветов он активно применял сравнительно-типологический метод, разработал, следуя Филону Александрийскому, триаду способов толкования библейских текстов (выделив буквально-исторический, нравственно-назидательный, духовно-аллегорический уровни экзегезы). Оппонентом Оригена выступал Петр Мученик. Катехеты Александрийской школы богословия заимствовали понятийный аппарат неоплатонизма и частично аристотелизма, однако стройность и систематичность изложения выдерживались ими не всегда: чрезмерный аллегоризм объяснений нередко приводил к курьезам, а игнорирование буквального смысла Библии – к сведению Священного Писания на уровень туманных мифологем. Впрочем, упрек в платонизме и неоплатонизме, согласно которому александрийцы будто бы ввели в христианское учение идеи этих философских систем, в этой общей форме неоснователен. Формы изложения, способы выражения и метод нередко сближали их с неоплатониками, частично из-за того, что они до своего обращения сами обучались этой философии, частично из-за того, что сами обстоятельства вынуждали их пользоваться ее терминологией и методом, чтобы с успехом бороться с иудейскими неоплатониками и еретическими гностиками. Учителя и ученики в Александрии вообще придерживались эклектизма, выбирая подходящее им из всех философских систем и пользуясь этим для поддержания и распространения христианства. Из-за оригеновских и арианских заблуждений пришлось отказаться от прежнего метода. Более здравомыслящие из ариан, желая уяснить себе тайны веры, в подтверждение своих положений продолжали ссылаться на буквальный смысл казавшихся для них благоприятными мест Священного Писания. Афанасий Александрийский сумел преодолеть оригеновский субординационизм (учение об иерархической соподчиненности Лиц Святой Троицы) и создал ортодоксальную догматическую концепцию, способную противостоять арианству. В своих «Четырех книгах против ариан» он исследовал буквальный смыл написанного в связи со всей системой веры, по определенным общепризнанным правилам. Катехеты Александрийской школы богословия были союзниками антиохийцев (например, Антиохийского патриарха Евстафия) в борьбе против арианства и аполлинаризма. С прежней Александрийской школой, как средоточием неоплатонической философии, Александрийскую школу богословия роднило преобладание умозрительно-идеалистическое направление духа, склонное к созерцанию и мистике, вследствие чего и объяснение Священного Писания было аллегорически-таинственным. Несмотря на эти недостатки, Александрийская школа богословия имела огромное значение для распространения и защиты христианской веры, для библейской критики и экзегетики.