В 1946 г. православные Уганды и Кении были приняты в полное каноническое общение с Патриаршим престолом, а в 1963 г. присоединены к Александрийской православной церкви. В 1958 г. были учреждены 3 новые епархии в Тропической Африке: Восточноафриканская, Центральноафриканская и Западноафриканская. В 1968 г. были образованы епархии Родезийская и Мыса Доброй Надежды. В этом же году прибывшая в Александрию по случаю интронизации Патриарха Николая VI (1968–1986 гг.) делегация Ватикана от имени папы Павла VI передала престолу апостола Марка частицу святых мощей евангелиста, некогда похищенных венецианцами. Первое десятилетие правления патриарха Николая VI называют золотой эпохой Александрийской православной церкви. Он заложил и построил новое здание монастыря Св. Саввы и освятил его соборный храм, отремонтировал здание богословской школы и расширил фонды библиотеки и музея школы. А в 1971 г. состоялось торжественное открытие новой патриаршей резиденции в Александрии. В 1997 г. были учреждены 4 новые епископии: Мадагаскарская (Антананариву), Нигерийская (Лагос), Ганская (Аккра), Букобская (Танзания). В настоящее время Александрийская православная церковь включает в себя Александрийскую архиепископию и 20 епархий (4 из них – в Египте, по 2 – в ЮАР и Танзании, по 1 епархии – в Конго, Эфиопии, Тунисе, Камеруне, Уганде, Кении, Судане, Зимбабве, Мадагаскаре, Нигерии, Гане и Замбии). Численность приверженцев Александрийской православной церкви составляет 700 тыс. человек. С 1997 г. Александрийской православной церковью руководит Блаженнейший патриарх и папа Александрийский и всея Африки Петр VII (Папапетру; род. в 1949 г.). Его официальный титул Блаженнейший Божественнейший и Святейший Отец и Пастыреначальник, папа и патриарх великого града Александрии, Ливии, Пентаполя, Эфиопии, всего Египта и всея Африки, Отец отцов, Пастырь пастырей, Архиерей архиереев, тринадцатый апостол и Судья всей Вселенной. Он является Председателем Священного синода, в который кроме патриарха входят 15 митрополитов. Патриарх Петр VII окончил семинарию, а затем богословский факультет Афинского государственного университета. Был рукоположен в сан священника в 1978 г. Патриарх Петр отличается большим опытом миссионерства. В своих выступлениях он подчеркивает, что миссионерская работа считается одной из главных и основных обязанностей Александрийской православной церкви. В осуществлении этой задачи Александрийской православной церкви оказывают материальную и моральную поддержку Элладская, Кипрская, Финская церкви, архиепископии Америки, Австралии, правительства Греции и Кипра и различные благотворители. Петр VII на посту главы Александрийской православной церкви широко развивает отношения с другими религиями и христианскими деноминациями на основе сотрудничества и взаимного уважения. В Москве имеется подворье Александрийской православной церкви при храме Всех Святых на Кулишках. В январе 2004 г. Петр VII совершил визит в Москву, где Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II вручил ему премию Международного фонда единства православных народов «За выдающуюся деятельность по укреплению единства православных народов» за 2003 год.