Адриан способствовал укреплению Киевской митрополии, заботился о просвещении русской паствы, о сохранении традиций отечественной историографии, в частности пополнении русских летописных сводов. Его церковная политика не всегда была дальновидной. Так, например, репрессивные административные меры против старообрядцев не принесли желаемых результатов, а изгнание из Москвы братьев Иоанникия и Софрония Лихудов (1694 г.) только ухудшили положение дел в Славяно-греко-латинской академии – первой русской высшей школе, открытой в Заиконоспасском монастыре в 1687 г. (пока ректором не стал в 1700 г. игумен Палладий Роговский). Еще патриарх Иоаким отверг притязания Сильвестра Медведева, проводника «латинства» и ученика Симеона Полоцкого, возглавить открывшуюся школу и поставил во главе ее ученых монахов-греков – братьев Софрония и Иоаникия Лихудов, которые были его союзниками в борьбе с «латинской» партией, хотя в преподавании шли своим путем. Конфликт между Иоакимом и Сильвестром Медведевым возник по узкобогословскому вопросу – о времени пресуществления святых даров. Братья Лихуды учили, что хлеб и вино становятся телом и кровью Иисуса Христа до произнесения установленных слов евхаристии, а Сильвестр Медведев доказывал, что таинство пресуществления совершается только после произнесения этих слов. Адриан, по-видимому, разделял учение братьев Лихудов, но передал этот спор на разрешение восточным патриархам, и учение братьев Лихудов было признано правильным. Тем не менее, братья оставались удаленными в костромском Ипатьевском монастыре, а их учение, изложенное в книге «Щит веры», оставалось ненапечатанным. Спор из богословского перерос в политический, потому что деятельность Иоакима и его сторонников в 1684–1689 гг. существенно затрагивала интересы светской власти, хотя и оставалась безнаказанной. Это объясняется ослаблением светской власти, вызванного расколом правящей верхушки на три партии – сторонников царевны Софьи, царя Ивана Алексеевича и царя Петра Алексеевича (партия Нарышкиных). Для достижения своих целей в борьбе с западным влиянием ревнители православия и старины во главе с Иоакимом примкнули к сторонникам Петра и оказали ей существенную поддержку в борьбе за власть. Но свержение Софьи и победа Петра осенью 1689 г. не принесли ожидаемых результатов. Правительство Петра I удовлетворило лишь частные требования ревнителей православия и старины: из Москвы выслали католическую миссию и осудили как еретика и активного сторонника царевны Софьи Сильвестра Медведева (он был казнен). Но Петр намного теснее, чем его предшественники, сблизился с иноземцами и сам стал активным проводником западного влияния. В 1700 г., вероятно с согласия Адриана, Петром I было введено новое летосчисление, тогда же, в связи с подготовкой реформы государственного законодательства, по поручению патриарха, старавшегося защитить права и имущество церкви, были составлены «Статьи о святительских судах». Но победа Петра I ликвидировала раскол светской правящей верхушки и настолько укрепила светскую власть, что церковь была вынуждена отказаться от своих прежних притязаний на соперничество с царской властью и смириться с падением своей роли в политической жизни страны.