Используя диалектические методы, он стремился преодолеть теологический догматизм и авторитаризм. Абеляр высказал ряд плодотворных мыслей о религии, писал о необходимости «тщательного исследования различных направлений веры, разделяющих ныне мир», о возможности мирных отношений между последователями разных религий, о том, что любое учение, даже считающееся ложным, содержит в себе какую-нибудь истину. В «Диалоге» содержится идея естественного нравственного закона, который «заключается только в этическом доказательстве» и тем самым отличается от закона иудеев и христиан. Анализируя теологические сочинения, Абеляр пришел к выводу, что «даже в христианстве имеют место многочисленные заблуждения», что пророки и отцы церкви могли допускать противоречия. Он полагал, что и «в Евангелиях кое-что кажется несогласным с истиной». В книге «Познай самого себя» Абеляр исходит из резко (минутами даже парадоксально) поставленного положения: есть только один грех – грех против собственного сознания. Он может лежать только в намерении, в воле. Действие, поступок есть лишь следствие злой воли и сам по себе уже не прибавляет ничего к греху. Это перенесение центра тяжести вопроса в субъективную сторону он доводит до парадоксального утверждения: «евреи, распявшие Христа в уверенности, что тем угождают Богу, не имеют греха». Связанный только с личной ответственностью, грех не может быть унаследован потомством. Адам и Ева завещали человечеству не свой грех, а только свою кару. Лично ответственный за грех, человек искупает его личным покаянием и сокрушением. Хорошо покаяться священнику, но из-за его отсутствия можно покаяться доброму мирянину или прямо Отцу Небесному. В вопросе покаяния Абеляр переступает ту грань, за которой стояли все вожди практической оппозиции, и, в сущности, подкапывается под самое основание церковной иерархии. Тем самым Абеляр за 400 лет до Лютера обрушивается со всей силой своего остроумия на обычай раздавать отпущения (индульгенции) за деньги без личного покаяния грешника. Если учесть, что все эти призывы к личному усилию мысли и совести не крылись в глубине трактатов, а произносились с кафедры уже в ту пору мирового города (Парижа), среди толпы страстной молодежи, то становится понятным, почему учительство Абеляра вызывало такую ненависть и тревогу среди церковных иерархов. Абеляр смело предстал перед судьями Сансского собора 1141 г. и требовал диспута, требовал права защиты. Страх перед его острым «мечом диалектики» заставил собор отказать ему в «милости слова». Он был осужден, не будучи выслушан, покинул собор до произнесения приговора и отправился в Рим апеллировать к папе. В пути Абеляр узнал, что папа уже санкционировал приговор. Это сломило мужество Абеляра. Чувствуя невозможность дальнейшей борьбы, он принял предложение давно расположенного к нему аббата Клюни Петра Достопочтенного укрыться на покой в тихую пристань его монастыря. Здесь навсегда умолкла его смелая речь. Предаваясь суровым подвигам аскетизма, Абеляр дожил здесь последние годы. Старческая слабость и потребность примириться с церковью, сыном которой он хотел остаться, вынудили у него в предсмертных писаниях ряд отречений от прежних положений. Но полного мира не было в душе Абеляра. Его настроение исполнено горечи и разочарования. Но даже незадолго до смерти он пишет, что всякое знание есть благо, даже знание зла. 2 апреля 1142 Абеляра не стало, а через 13 лет его гробницу открыли, чтобы положить в нее тело Элоизы. Своей высокой оценкой разума, философии и науки, все более решительно вторгавшихся в мир незыблемых церковных авторитетов, Абеляр содействовал развитию знаний о религии в последующие века.