Собор Покрова Богородицы представляет уникальный пример объединения в одном сооружении итальянизирующих мотивов с элементами декора, повторяющими образцы раннемосковской резьбы начала XV в. Особенности композиции и декора определены ориентацией мастеров Василия III на главную святыню близлежащего Троице-Сергиева монастыря – собор во имя Святой Троицы. Построенная в смешанной технике (сочетание белокаменной кладки стен и столбов с кирпичной кладкой сводов и главы), стоящая на подклете, Покровская церковь входит в ряд сооружений первых десятилетий XVI в., в которых сохраняется традиционная для московского зодчества XV в. пространственная структура: четыре прямоугольных столба поддерживают повышенные подпружные арки, несущие световой барабан. Исследователи предполагают, что храм был уже первоначально построен с трёхсторонней каменной папертью и фланкирован с севера и юга двумя приделами. Из построек дворцового комплекса времени Василия III и Ивана Грозного сохранились только домовые каменные церкви во имя Святой Троицы (с рубежа XVII–XVIII вв. и по настоящее время – Покрова Богородицы) и церковь в честь Успения Богородицы. Оба храма стоят на подклетах, под которыми устроены глубокие белокаменные подвалы. Существует точка зрения, согласно которой шатровая Троицкая церковь и четырёхстолпный крестово-купольный Успенский храм построены в 1510 гг. Соответственно и парадные палаты в подклете Троицкой церкви являлись «залами» дворца Василия III. Согласно другому мнению, эти храмы воздвигнуты Иваном Грозным в 1570 гг. Исследователи не сомневаются, что ко времени его проживания в Александровской слободе относится перестройка церкви-колокольни Московского митрополита Алексия (с конца XVII в. Голгофо-Распятская церковь), предпринятая, по мнению исследователей, после 1570 г. для размещения на ней колоколов, вывезенных Иваном Грозным из Новгорода. При Иване Грозном была осуществлена стенопись Покровского собора. К 1570 гг. исследователи относят и фрески шатра Троицкой церкви – единственный пример сюжетной росписи шатрового храма в XVI в. В 1569 г. Иван Грозный привёз в Александровскую слободу из разорённой Твери медные врата и установил их на западном портале Покровского собора (по мнению исследователей, они были выполнены в XIV в. для Спасо-Преображенского собора Твери). Другие медные врата XIV в., с золотой наводкой, так называемые Васильевские, вывезены им в Александровскую слободу из новгородского Софийского собора в 1570 г. и поставлены в южный портал собора. 19 ноября 1581 г. в Александровской слободе от побоев, полученных во время ссоры с Иваном Грозным, скончался царевич Иван. Это трагическое событие положило конец истории Александровской слободе как постоянной царской резиденции. В Смутное время Александровская слобода была разорена, но при царе Михаиле Фёдоровиче вновь стала местом отдыха царского семейства при паломнических выездах. Новый период истории Александровской слободы начался в 1649 г., когда Лукиан Александрийский положил начало женскому монастырю на территории государева двора. В 1651 г. царь Алексей Михайлович передал обители Успенскую церковь и часть слободской земли для строительства келий. Так возник Александровский в честь Успения Божьей Матери женский монастырь.