В 1732 г. Арсениев монастырь пришёл в упадок и был приписан к Юрьеву монастырю. В 1785 (1786 или 1787 г.?) г. мощи Арсения Новгородского были обретены и перенесены в новгородский в честь Покрова Пресвятой Богородицы и святителя Кирилла Александрийского монастырь и положены на южной стороне Кирилловской церкви. В 1792 (1793 г.?) г. над мощами святого был сооружён придел в его честь, в 1812 г. устроена бронзовая позолоченная рака. Во имя Арсения Новгородского был также освящён придел в храме в честь Владимирской иконы Божьей Матери во Ржеве. В 1830 г. на месте упразднённого Арсениева монастыря купцом Кузнецовым была выстроена церковь в честь Иверской иконы Божьей Матери, в которой находилась гробница, где ранее почивали мощи Арсения Новгородского. В записке новгородского протопопа Максима о новгородских святынях, написанной для царицы Евдокии Лукьяновны в 1634 г., сказано: «На Торговой стороне, в монастыре Арсеньеве мощи преподобного Арсения лежат под спудом; от мощей его приходящим с верою исцеления бывают. Тропарь и кондак ему составлен, а празднество ему ещё не установлено». В Кайдаловских святцах конца XVII в. память Арсения Новгородского отмечена под 14 июля. Имя Арсения Новгородского включено в «Описание о российских святых» (конец XVII – XVIII вв.). В Отенских святцах XVIII в., которые были известны архиепископу Филарету (Гумилёвскому), отмечена память Арсения Новгородского, правда, датой кончины назван 1580 г., указано, что имеется служба святому; исследователи предполагают, что служба была составлена до обретения мощей в 1785 г. В Минеях (Московский патриархат) под 12 июля помещён текст службы Арсению Новгородскому – два тропаря и канон. В тексте службы Собору Новгородских святых (составлена около 1831 г.) Арсению Новгородскому посвящены третий тропарь четвёртой песни и седьмой тропарь шестой песни канона утрени. В Каликинском иконописном подлиннике (Библиотека Академии Наук, конец XVIII в.) облик Арсения Новгородского описан под 8 мая: «Подобием рус, брада тупее Николины, в схиме, ризы преподобническия, мантия многошвенна, ряска дичь». Изображение Арсения Новгородского сохранилось на прориси с иконы XVIII в., в составе 68 Новгородских святых, предстоящих иконе Софии, Премудрости Божией, – с непокрытой головой, в четвёртом ряду правой группы, на двух иконах Новгородских чудотворцев работы священника Георгия Алексеева, 1726 и 1728 гг. (Исторический музей, Третьяковская галерея); также на прориси с иконы «Русские святые» 1814 г. старообрядческого иконописца Петра Тимофеева – в монашеском одеянии, с куколем на голове и короткой, немного кудрявой бородой, между преподобным Тихоном Луховским и преподобным Сергием Валаамским.