В связи с продолжавшимися захватами униатами храмов в западных областях Украины 15 декабря 1989 г. Священный Синод выступил с особым заявлением, 20 декабря патриарх Пимен направил телеграммы по этому вопросу М.С. Горбачёву, папе Римскому Иоанну Павлу II, Съезду народных депутатов СССР, Генеральному прокурору СССР и другим официальным лицам. По договорённости с Ватиканом 12–17 января 1990 г. в Москве состоялась встреча представителей Римо-католической и Русской православной церквей для обсуждения ситуации на Украине, были выработаны «Рекомендации по нормализации отношений между православными и католиками восточного обряда на Западной Украине», которые должны были стать основой для урегулирования создавшегося положения. В краткой речи на открытии архиерейского Собора патриарх Пимен обозначил главную тему Собора – «раскол, учинённый сторонниками так называемой Украинской автокефальной православной церковью». По докладу митрополита Киевского Филарета (Денисенко, впоследствии анафематствованного) архиерейский Собор подтвердил решение Синода о лишении сана Иоанна (Боднарчука), заявил о «неканоничности провозглашённой им «Украинской автокефальной православной церкви греко-украинского обряда» и призвал священнослужителей и мирян, уклонившихся в раскол, вернуться в ограду Матери-Церкви. Собор обратился к правительствам СССР и Украинской ССР «с настоятельной просьбой способствовать немедленному прекращению актов насилия и беззакония со стороны униатских экстремистов, чтобы существующие проблемы в отношениях между православными и католиками восточного обряда на Западной Украине решались на основании закона, с учётом интересов и прав сторон, без какой-либо дискриминации и с уважением к договорённостям, выработанным в результате переговоров между Московским Патриархатом и Римо-католической Церковью». Архиерейский Собор одобрил «Рекомендации» совещания 12–17 января 1990 г. и направил Председателю Верховного Совета СССР М.С. Горбачёву телеграмму с призывом «способствовать немедленному прекращению актов насилия и беззакония», совершаемых украинскими греко-католиками и раскольниками-автокефалистами совместно с представителями ультранационалистических политических движений.