Киевский митрополит Владимир (Сабодан) говорил о крайне тяжёлом положении УПЦ, против которой ополчились раскольники-автокефалисты, униаты, римо-католики, язычники, греческие старостильники, раскольники из так называемой «Свободной церкви», представители РПЦЗ. Глава УПЦ просил архиерейский Собор дать украинскому Синоду полномочия на диалог с братскими поместными церквами по вопросу о положении УПЦ. Большой интерес у участников архиерейского Собора вызвал зачитанный Керченским архиепископом Анатолием (Кузнецовым) текст речи отсутствовавшего по болезни Сурожского митрополита Антония (Блума). Митрополит Антоний поднял вопрос о духовничестве, участии РПЦ в ВСЦ и экуменическом движении, отношениях православной и католической церквей. Митрополит Антоний (Блум) жёстко критиковал папистскую тенденцию в политике Константинопольской патриархии. Коснулся он и вопроса о канонизации императора Николая II и царской семьи, высказавшись за их прославление в лике святых и в то же время подчеркнув, что канонизация императора не будет обозначать канонизацию монархии как формы государственного правления. По докладу патриарха и результатам дискуссии архиерейский Собор принял определение «Об отдельных вопросах внутренней жизни и внешней деятельности Церкви». Основные положения соборных определений нашли отражение в послании Собора «боголюбивым пастырям, честному иночеству и всем верным чадам Русской Православной Церкви», в котором подчёркивалась нерушимость «единения епископата, клира и всех верных чад церковных вокруг канонического Главы Русской Православной Церкви». В ходе архиерейского Собора Харьковский митрополит Никодим (Руснак), Львовский епископ Августин, Одесский митрополит Агафангел (Саввин) подняли вопрос об отлучении от церкви лишённого сана и кощунственно называющего себя «патриархом» монаха Филарета (Денисенко). Собор отлучил от церкви через анафематствование монаха Филарета и предупредил об отлучении в случае нераскаяния монаха Иакова (Панчука) и Андрея (Горака), ранее изверженных из епископского сана. В особом акте Собор отлучил от церкви также Глеба Павловича Якунина, который «не внял обращённому к нему призыву к покаянию и прекращению бесчинств, продолжал кощунственно носить священнические одежды, вступил в общение с раскольническим образованием лишённого всех степеней священства монаха Филарета (Денисенко), ныне отлучённого от Церкви; продолжает возводить хулы на епископат, духовенство и верных чад матери Церкви, тем нанося ей ущерб». Собор принял определение о лишении сана запрещённых ранее в священнослужении архимандритов Валентина (Русанцова), Адриана (Старины), игумена Иоасафа (Шибаева) и, призвав их к покаянию, предупредил, что в случае нераскаяния и они будут отлучены от церкви. Архиерейский Собор явился свидетельством единения епископов РПЦ, совершающих своё служение в разных государстввах и регионах, вокруг первосвятителя, за единением архипастырей стояло единство церковного народа в обществе, раздираемом противоречиями и враждой. 20 февраля участники Собора совершили паломничество к святыням Москвы, посетили кремлёвские соборы. В Успенском соборе Кремля совершилось знаменательное событие – предстоятель РПЦ впервые после патриарха Адриана взошёл на патриаршее место, которое без малого 300 лет оставалось пусто. 23 февраля за Божественной литургией в храме Преображения Господня – крипте восстанавливаемого храма Христа Спасителя, которую совершил патриарх Алексий в сослужении 126 архипастырей – участников архиерейского Собора, совершено было прославление священномучеников митрополита Петра, митрополита Серафима и архиепископа Фаддея.