У многих (если не у большинства) архипастырей это решение вызывало тяжёлые чувства. Навязанная церкви реформа приходского управления, по замыслу её действительных инициаторов, должна была привести к развалу приходской жизни и подорвать влияние церкви в обществе, чего опасались как участники архиерейского Собора, так и всё почти духовенство и сознательные миряне. Однако в сложившихся тогда условиях открытое неповиновение властям могло бы повлечь за собой разгром церковной организации, появление при поддержке властей раскольнических группировок. Рисковать легальным статусом канонической церкви священноначалие не могло, в этом оно следовало по пути, на который Русская церковь вступила в 1923 г. при патриархе Тихоне (Белавине). Попытки нескольких архиереев из зарубежных епархий РПЦ оспорить решение архиерейского Собора на поместном Соборе 1971 г. не имели успеха, оно было отменено на поместном Соборе 1988 г. в связи с принятием нового «Устава об управлении Русской Православной Церкви». На архиерейском Соборе патриарх сказал также о необходимости увеличить число постоянных членов Синода за счёт включения в него по должности Управляющего делами Московской патриархии и председателя ОВЦС для более оперативного решения вопросов высшего церковного управления. Решение об увеличении числа постоянных членов Синода было принято на заседании Синода от 16 марта 1961 г. и было вызвано, в числе прочего, тем обстоятельством, что после освобождения от обязанностей председателя ОВЦС Крутицкого  митрополита Николая (Ярушевича), постоянного члена Священного Синода по занимаемой кафедре, и утверждения в этой должности архимандрита Никодима (Ротова), с возведением в сан епископа Подольского, викария Московской епархии, возникла необходимость закрепить за должностью председателя ОВЦС постоянное членство в Священном Синоде. Управляющий делами архиепископ Пимен (Извеков) на том же заседании Синода был переведён с Дмитровского викариатства Московской епархии на самостоятельную Тульскую кафедру. Это решение было связано с исключительно широким кругом обязанностей Управляющего делами Московской патриархии и Председателя ОВЦС, предполагавших постоянную рабочую связь с патриархом и высокое служебное положение. Доклад по этому вопросу на архиерейском Соборе делал Крутицкий митрополит Питирим, в прениях выступил Ленинградский митрополит Гурий (Егоров). Архиерейский Собор утвердил решение Священного Синода, и такой состав Синода сохранился в последующие десятилетия. На заседании Священного Синода от 30 марта 1961 г. было принято решение о «своевременности и желательности» вступления РПЦ в ВСЦ, изложенное в послании патриарха Алексия на имя генерального секретаря ВСЦ доктора В. А. Виссерт-Хуфта с заявлением о вступлении и изложением позиции по экуменическому движению.