Митрополит Владимир дал характеристику современной ситуации в церковно-государственных отношениях, отметив, что в условиях, когда «прежнее государственное законодательство о культах устарело, а нового ещё нет», многие представители светской власти продолжают чинить препятствия возрождающейся церковной жизни, несмотря на то, что новый церковный Устав был зарегистрирован государством и вошёл в жизнь. Собор высказал своё отношение к разрабатывавшемуся в то время закону «О свободе совести и религиозных организациях». «Мы считаем необходимым, – говорится в соборных «Определениях», – внесение в него следующих положений: 1) юридическое признание Церкви как единой религиозной организации и уравнение её в правах с другими общественными организациями; 2) предоставление равных прав для религиозного и атеистического обучения, воспитания и пропаганды; 3) предоставление возможности широко и многообразно осуществлять дела милосердия и благотворительности; 4) свободное издание и распространение религиозной литературы; 5) доступ Церкви к средствам массовой информации; 6) отмена дискриминационного налогообложения и уравнение в этом отношении духовенства и церковных работников со всеми советскими гражданами». В «Определениях» не нашёл отражения вопрос о церковной собственности, поднимавшийся в докладе митрополита Владимира. На Соборе дискутировался вопрос о возможности участия священнослужителей в деятельности выборных государственных органов управления. Эта проблема впервые обсуждалась на заседании Священного Синода 27–28 декабря 1988 г. в связи с принятием 1 декабря 1988 г. Закона СССР о выборах народного депутата СССР, предоставившего священнослужителям возможность быть избранными. Синод благословил представителям церкви принимать участие в этой деятельности, народными депутатами СССР стали патриарх Пимен, митрополит Ленинградский Алексий (Ридигер, впоследствии Московский патриарх), митрополит Волоколамский Питирим (Нечаев). Однако уже после первых выборов стало ясно, что «эмоциональный характер и дух предвыборных кампаний» ввергают кандидатов в «мирские страсти», да и сама депутатская деятельность подразумевает постоянную борьбу и чуждый церковному сознанию дух соревнования.