Главная заключается в том, что на смену прежним общинно-родовым отношениям пришли новые, но тоже общинно-родовые. Иерархические организации мусульман представляли собой все ту же древнюю общину (умму) , руководители которой стремились сосредоточить в своих руках не только светскую, но и духовную власть, а идеологическое обоснование этому искали в неясных стихах Корана. Не случайно именно за племянником пророка (Али) группой приверженцев было признано исключительное право на руководство мусульманской общиной. Однако ее большая часть, основываясь на принципах консенсуса , присягнула на верность дяде пророка – Абу Бакру. Это есть не что иное, как борьба за право наследования по принципам общинно-родового строя. Но если выбор халифом Али носит на себе черты тоталитарности, то выбор Абу Бакра сохраняет элементы более демократичного патриархального периода. Естественно, что некоторые сподвижники пророка признали присягу Абу Бакру незаконной и выступили за передачу и сохранение власти среди представителей «дома пророка», т.е. отстаивали право конкретного рода. Сторонники Али утверждали исключительное право его и его потомков как ближайших родственников пророка на руководство общиной. Власть этого рода стал оспаривать другой род – бану умайя во главе со сподвижниками пророка Талхой и аз-Зубайром и при поддержке вдовы пророка Аиши, который и провозгласил халифом аз-Зубайра (ставшего известным как «антихалиф»).

Насколько ожесточенной была борьба за власть, можно судить по такому эпизоду. В июле 657 г. в битве при Сифиине Али, хоть и был предельно близок к окончательной победе над сирийцами, согласился на предложенный Муавией третейский суд, из-за чего лишился не только возможности закрепить победу, но и внес тем самым раскол в лагерь своих сторонников, приведший к выделению группировки хариджитов, которые стали бороться и против Муавии, и против самого Али. После смерти Али военно-политические поражения его сторонников привели к перемещению центра их активности в религиозно-богословскую сферу. Это говорит о том, что одной военной силы для захвата и укрепления власти стало недостаточно, и нужно было ее идеологическое обоснование. Поэтому исключительное право Алидов на руководство мусульманской общиной стало обосновываться аллегорическими толкованиями стихов (айатов) Корана и преданий (хадис/хабар), признаваемых только шиитами. Художественные и прочие достоинства Корана уже не имели принципиального значения, он был просто «взят на вооружение». Уже при жизни Али кое-кто из его сторонников проповедовали сакральный характер имамата, утверждая, что сам пророк назначил Али своим духовным преемником. Но поскольку никакого письменного завещания не было, ссылки могли быть только на текст Корана. А идея сохранения духовной и политической власти в роду пророка могла также восприниматься как известная гарантия справедливости этой власти.

В условиях широкого недовольства правлением Омеййадов шиитская пропаганда находила поддержку в самых разных слоях населения, прежде всего в неарабских районах Халифата. Все это в конечном итоге способствовало падению Омеййадов, однако плодами их поражения воспользовались Аббасиды. Кроме того, среди самих шиитов началась серия расколов, прежде всего, в связи с вопросами о передаче имамата тому или иному потомку Али. Начиная с середины VIII в. в шиизме выделяются два основных течения, крайнее и умеренное. «Крайних шиитов» (гулат и др.) упрекали в прямом или косвенном обожествлении Али. К крайним относятся и исмаилиты, признавшие законным наследником сына шестого имама Джафара ас-Садика – Исмаила. К умеренным относятся зайдиты, сторонники брата пятого имама Мухаммада ал-Бакира – Зайда Бен Али, а также имамиты, признающие 12 имамов из рода Али, последний из которых, Мухаммад, исчез в малолетнем возрасте вскоре после смерти своего отца, уйдя в «малое сокрытие». Во время этого сокрытия, продолжавшегося до 940 г., ограниченный круг людей якобы мог контактировать с ним и выступать в качестве посланцев, транслирующих его волю. После 940 г., когда умер последний посланец имама, прямой контакт с ним считается прерванным, и наступил период «великого сокрытия», во время которого руководство общиной взяли на себя авторитетные богословы. Согласно классической исламской доктрине, период «великого сокрытия» продлится до конца времен, когда скрытый имам появится в качестве ожидаемого Мессии, провозвестника Второго пришествия Иисуса Христа и близкого конца света, призванного восстановить истину и справедливость.

Однако в контексте исламской истории шиизм имеет значение, выходящее далеко за пределы политических проблем первых веков ислама, а в классический период истории ислама он стал одним из мощнейших факторов духовной оппозиции и представлял определенную альтернативу общеисламским стандартам. Шиизм сыграл важнейшую роль в формировании культурного облика иранского мира, в котором он получил наибольшее распространение. Несмотря на политическую оппозиционность, шииты признавались мусульманами, однако часто применяли принцип «благоразумного скрывания» своих убеждений.