Настроение народа и большинства духовенства было решительно на стороне Фотия, который с достоинством, не защищаясь, выслушал приговор Собора и удалился в Скепский монастырь. Точно так же поступили и его приверженцы, отказавшись подписать унизительную, составленную в Риме формулу и подчиниться решению управляемого легатами Собора, чем произвели на народ огромное впечатление, усилившее авторитет Фотия. Благоприятное для Фотия движение усиливалось еще и фанатизмом Игнатия и его низкопоклонством перед Римом. В лице Фотия лучшие пастыри Восточной Церкви чувствовали себя униженными перед ненавистным Западом. Не догматический и обрядовый спор, а глубокая национальная и культурная рознь между Западом и Востоком неминуемо вела к разделению и в церковном отношении. Все с большей резкостью проявлялось то обособительное движение, которое началось политическим отделением Восточной империи, продолжалось во время христологических споров, усилилось во время иконоборчества и в XI в. завершилось разделением Церквей. Царь Василий с течением времени вполне подчинился влиянию Фотия, который был избран на роль воспитателя наследника престола, а после смерти Игнатия, незадолго перед тем примирившегося со своим противником, опять возвел на патриарший престол Фотия (877 г.). Для укрепления своего положения патриарх пожелал примириться с новым папой, Иоанном VIII. По просьбе Василия папа прислал своих легатов на Собор, который должен был умиротворить Церковь. Но новом Соборе (879–880 гг.) Фотий не только добился признания, что могло быть истолковано в смысле извинения со стороны папской курии, но и настоял на включении в акты Собора, в опровержение Собора предыдущего, восточной формулы об исхождении Св. Духа (только от Отца). Столь же решительное поражение понесли папские легаты и в вопросе о главенстве римского престола, и в болгарском вопросе. Не добившись соглашения, кардинал Марин объявил, что Рим прекращает всякое общение с Фотием; папа Иоанн VIII снова отлучил патриарха от Церкви. Даже воцарение миролюбивого императора Льва VI Мудрого (886–911 гг.), заставившего Фотия покинуть патриарший престол в пользу своего 16-летнего брата Стефана, внесло лишь весьма призрачный мир. Вторично низложенный, но сопровождаемый общим сочувствием, Фотий удалился в монастырь, где он и умер между 891 и 897 гг. О последних годах его жизни имеются только скудные и малодостоверные сведения.

Однако вторичное низложение Фотия отнюдь не привело к отречению греческой Церкви от своих притязаний. Его церковно-политическая программа через несколько поколений была восстановлена с буквальной точностью. Дух Фотия настолько укоренился в константинопольской Церкви, что, несмотря на неоднократную поддержку папских притязаний византийскими императорами, эта Церковь могла отражать властолюбивые попытки Рима. А дело Фотия было закончено патриархом Михаилом Керулларием.