В 660 г. Максима вновь привезли в Константинополь и стали добиваться того же. «Не огорчай императора, – говорили ему, – который ради мира Церкви повелевает молчать о вещах, которые порождают разногласие». «Я не могу прогневить Бога, – возражал Максим, – умалчивая о том, что Он повелевает признавать и проповедовать».

Видя, что Максим продолжает твердо держаться своих убеждений, судьи приказали жестоко бичевать его острыми воловьими жилами. Не добившись ничего, палачи, вытянув язык преподобного, отрезали его у самой гортани. Спустя некоторое время была отрезана у него и правая рука. Затем его сослали на Кавказ, в Аланию, и заключили в темницу в городе Шемари, где Максим, терпя постоянную нужду в самом необходимом, прожил еще три года.

В 680–681 гг. в Константинополе состоялся Шестой Вселенский собор по инициативе императора Константина IV Погоната (в переводе с греч. «погонат» – «бородатый»), который положил конец монофелитской ереси, признав православное учение о двух волях Христа, буквально повторявшее учение Максима Исповедника. Константин Погонат сразу после вступления на престол отправил к папе Домну просьбу прислать на Восток уполномоченных для обсуждения спорных вопросов. Домн умер, а его преемник Агафон медлил с ответом, желая сначала заручиться поддержкой западного епископата. Всюду стали собираться Соборы. В 680 г. в Рим съехалось 125 епископов. От их лица на Восток были отправлены депутаты с посланием, составленном в тоне самоуверенном и властном и отрицательно относившемся к монофелитству. Патриарх Византии Феодор, ссорившийся с Римом, был удален в 679 г., поэтому римские послы были приняты с почетом. Константин IV, отправляя письмо Домну, не думал созывать Вселенского Собора, которому, на его взгляд, не благоприятствовало время, но после прибытия депутатов Запада отдал приказание созывать епископов, и Собор открылся в ноябре 680 г. на положении Вселенского. Таким образом, только нежелание ссориться с Римом заставило византийское православие покончить с монофелитской ересью.

Если всего лишь двадцать лет назад с монофелитством боролись только три монаха (Софроний, Максим Исповедник и его ученик Анастасий, также принявший мученическую смерть), то теперь монофелитство на Соборе энергично отстаивал только антиохийский патриарх Макарий с монахом Стефаном. Кроме того, был восстановлен мир с папством, нарушенный ссылкой папы Мартина I, а действующий папа, Агафон, отлучил от Церкви Гонория I за отступничество. На последнем заседании было зачитано заявление, что Собор «с распростертыми объятьями принимает представление святейшего и блаженного папы древнего Рима». Торжество Рима было гораздо более полное, чем на Халкидонском соборе. Анафеме были преданы несколько епископов, в том числе и «старец с детским и сумасбродным умом» Полихроний, который перед Собором хотел воскресить мертвеца в доказательство истинности монофелитства. В 692 г. этот Собор продолжил свою работу под названием Пятошестой или Трулльский, где решали вопросы, относящиеся к церковному благочестию.