Его законодательные акты полны постановлений о церковном устройстве, регламентируя все мелочи. Именно в одном из законов Юстиниана был утвержден принцип взаимоотношений Церкви и государства – принцип симфонии, т.е. согласия священнической и царской (императорской) власти. Согласно этому принципу, Церковь должна молиться о царе и его подданных, а император должен заботиться о Церкви и охранять правую веру. Сам Юстиниан делал Церкви щедрые пожалования, строил и украшал храмы.

Как следствие особого положения Церкви в Византийской империи, в эпоху Юстиниана возникает такой тип законодательных сборников, как «Номоканон». В них совмещались законы о Церкви, изданные императорами (греч. номос – закон), и собственно церковные правила – каноны. Византийские Номоканоны, т.е. сборники, содержащие церковные каноны и императорские постановления, положили начало церковному праву и в России, на основе которого была составлена так называемая Кормчая книга. Если Церковь сравнивают с кораблем, пребывающие на котором не гибнут в житейском море, то как кораблю нужен кормчий, который направлял бы его путь, так и Церкви, пребывающей в мире, нужно водительство, управление, регулирование ее жизни.

Каноны регулируют как организацию церковной жизни в целом (правила созыва Соборов, выборов епископов или священников и т.д.), так и жизнь каждого христианина (условия и правила приема в Церковь, церковного брака, погребения и т.д.), а также описывают наказания за церковные преступления. Среди канонов есть такие, которые действуют во все времена (например, запрет рукополагать женщин в священники), и такие, действие которых связано с конкретной исторической ситуацией (например, каноны, определяющие возраст для пострижения в монашество или рукоположения).

Юстиниан обобщил и систематизировал политику использования Церкви для достижения своих целей. После возвращения Италии император признал папу первым лицом в Церкви, константинопольского патриарха – вторым. Он брал под свой высший контроль не только церковное управление и действия духовенства, но и религиозную жизнь подданных. Его кодекс начинается с особой главы «О Святой Троице и кафолической вере». Упоминание об обязательности для всех Никейского Символа веры встречается в нем несколько раз, рядом с анафемой против еретиков и хвалой Риму. Однако религиозная политика Юстиниана не отличалась строгой последовательностью. Против остатков язычества он боролся решительно. Язычество уже было запрещено еще эдиктами императора Феодосия Великого, но фактически оно сохранялось еще во многих местностях – в Египте, Сирии, Финикии, Малой Азии, особенно в Греции. Ему преданы были многочисленные группы во всех слоях общества. Хотя храмы были все закрыты или уничтожены, но обряды тайно исполнялись внутри домов, и правительство, во избежание больших хлопот, закрывало глаза на нарушение указов. Юстиниан не хотел терпеть таких послаблений. Он объявил существование язычества недопустимым, предписал всем креститься, упорствующих лишал всех служебных и гражданских прав и ставил их вне закона, грозя не только лишением имущества, но и смертью.