Пахомий прожил с Паламоном около семи лет, проводя все время в трудах и молитве. Однажды он оказался среди развалин селения Тавенисси (Табенны), и здесь к нему был голос: «Пахомий, подвизайся и пребывай на этом месте; построй себе обитель, и множество людей придут к тебе, чтобы сделаться монахами около тебя». Пахомий рассказал об этом Паламону, и тот благословил его на строительство нового монастыря, после чего вернулся на место своих подвигов и вскоре умер. А обитель Пахомия стала быстро наполняться иноками. Пахомий установил для них некоторые правила, предписав всем единообразие в пище и одежде. Когда количество иноков в Табенне стало слишком велико, он основал неподалеку еще монастырь, а потом было устроено еще несколько монастырей выше и ниже по течению Нила (при жизни Пахомия их число достигло девяти). Все они вели одинаковый образ жизни, подчиняясь одним и тем же правилам, одной и той же администрации.

С этой целью Пахомий разработал первый в истории монастырский устав, подробно регламентирующий монашескую жизнь. Все монастыри находились под управлением одного общего аввы, которому принадлежал главный надзор над всей братией. В монастырях имелись свои второстепенные начальники – настоятели и игумены, бывшие в подчинении у главного аввы и доносившие ему о состоянии своих обителей. Хозяйственной деятельностью заведовали экономы. Под предводительством своих начальников монахи должны были проводить жизнь в молитве, чтении духовных книг и трудах. Общее богослужение совершалось дважды в сутки – днем и ночью. В первый и последний день недели они причащались Святых Тайн, причем литургия совершалась обыкновенно соседними пресвитерами, т.к. Пахомий, опасаясь проявления в братии духа любочестия, не допускал, чтобы кто-нибудь из них принял пресвитерский сан, как и сам не принимал его. Кроме того, иноки должны были совершать молитвы перед отходом ко сну и после сна. Чтением монахи занимались в своих кельях в свободное от молитвы и работы время, получая книги из монастырской библиотеки.

Устав Пахомия считается древнейшим писанным уставом монашеской жизни, который быстро распространился в христианском мире. До нас он дошел в редакции Палладия, а в латинском переводе, более пространном, приписывается Иерониму.

Пустынножительство монахов по образцу устава Пахомия называется киновитным. Оно сложилось в следующих чертах. Каждый монастырь был окружен замкнутой оградой, внутри находилось 3 или 4 дома, в которых помещалось по сорок монахов, сгруппированных по роду их труда. Монахи поселялись в отдельных кельях (у Пахомия – по три в келье, в других обителях Египта – по два, а в Сирии – по одному). Определенное число таких келий составляло лавру; в каждой было общее место для трапезы и для иных собраний всех монахов. Иногда монахи поселялись в одном здании и составляли монастырь или общежитие в более узком смысле этого слова. Работы распределялись сообразно с силами каждого; они состояли сначала в обработке земли для собственных потребностей, в плетении циновок и корзинок из нильского тростника. Затем стали развиваться ремесла: кузнечное, лодочное, ткаческое, кожевенное и т.п. Излишки должны были раздаваться бедным (однако на практике это не всегда соблюдалось и, в противоречие с уставом, у монахов иногда появлялась таким образом частная собственность).