История умалчивает о том, какими именно полномочиями был наделен Савл, но есть свидетельства, что его неоднократно вызывали в Иерусалим для отчета о своих словах и поступках. Иерусалимская христианская община в это время была сугубо еврейской, досконально соблюдала закон Моисея. Она возглавлялась братом казненного учителя и крайне нетерпимо относилась к любым отклонениям от иудаизма. Более того, и сам Спаситель говорил: «Я пришел не отменить Закон, но исполнить его». А Павел (Савл), учитывая, видимо, меняющиеся условия, отменял для иудеохристиан (прозелитов) то обрезание, то кошерную пищу. Он говорил не о том и не так в тех синагогах, где останавливался, и каждый шаг, каждое слово его были известны в Иерусалиме. При неверном же толковании роли Павла и других апостолов в процессе превращения еврейских синагог в христианские общины остается все же загадкой, почему римские власти смешивали христианство с еврейством. Так, учение о Церкви, возглавляемой Христом, как о неком мистическом теле, членами которого являются отдельные общины и каждый верующий, возникает в «Посланиях» Павла, но этого не могло быть до 65 г. н.э., когда Павел был казнен в Риме, согласно общепринятой хронологии. Потому что система управления общинами складывается только во II в. н.э.

В организации христианской общины этой поры ясно различались два элемента, которые характеризовали ее и как очаг христианства, и как римскую коллегию. Во-первых, возглавлял общину «епископ». Подобно синагогам и в отличие от римских коллегий, христианские общины управлялись на началах единовластия, а не коллегиальности (хотя в первое время встречались и епископы или пресвитеры во множественном числе). Существовало также неопределенное число «диаконов», которых можно сравнить с кураторами коллегий; их значение обусловливалось значением христианской благотворительности. Было неопределенное число «пресвитеров», аналогичных декурионам коллегий; они составляли, по-видимому, нечто вроде общинной управы. Собрание всех членов общины называлось «экклесией». (Термин «экклезия» позже стали применять не только к отдельной организации, но и ко всей Церкви.)

Ко второму элементу, перешедшему в христианские общины из иудаизма, принадлежали апостолы, пророки и дидаскалы (учителя), из коих только последние были оседлыми и принадлежали к данной общине. Однако нет оснований считать подобную организацию первоначальных христианских общин ни слишком строгой, ни слишком единообразной: все общины управлялись Святым Духом.

Говоря об отношениях христианских общин друг с другом, надо учитывать или внутреннюю общность учения, или внешнее единство организации. С первой точки зрения все общины составляли единую Церковь: все члены сознавали, что принадлежат к ней, а не к местному толку; обмен мнений был очень оживленный благодаря переездам апостолов и пророков и широко развитому гостеприимству. Но со второй точки зрения надо признать, что единой Церкви тогда не существовало, ни в форме единого руководства, ни в форме Собора представителей. Вначале апостольское руководительство было несомненным, только к объединению оно не вело. В дальнейшем епископы стали считаться прямыми преемниками апостолов, и это представление найдет отражение в богословском обосновании таинства рукоположения. Усиление позиций епископата привело к введению дисциплинарных строгостей и формированию догматики. Именно становление епископальной Церкви стало основой догмата о триединстве, согласно которому Святой Дух, признанный равным Отцу и Сыну лицом Троицы, постоянно пребывающий в Церкви, признавался гарантом истинности ее учения.